作者o81628 (yuang)
看板Biotech
標題mRNA-seq 解讀疑問
時間Sat Jul 27 14:05:48 2024
大家午安啊
小弟與學妹近期突然被老師要求樣品送測mRNA-seq與miRNA array。 目前結果已收到，但
對於結果的判讀還是有一些不太清楚，想請教前輩們後學觀念是否有誤。
範例組別
A: Control group
B: Drug 1
C: Drug 2
跑完分析後，拿到GO長條圖。
結果範例 [顯示-log(p value)數值]
inflammatory response
B vs A : 12
C vs A：5
我自己的解讀是經過B處理後的細胞在發炎反應的路徑是更具有調控性。相較來說C則沒那
麼明顯。
不過合作醫師的解讀是B能讓細胞產生更多促進發炎訊號。
我粗淺認為p value是統計差異，原始訊息應該包含高與低，所以不能看到數字越高就解
釋表現量的提升。
與醫師詢問後一直沒有個確切的結論出來Orz, 樣本是由合作醫師去處理委測的流程，所
以也不知道要跟哪個單位確認。
如果我的觀念是錯的請各位前輩不吝鞭打QvQ
謝謝大家
距離畢業最後一哩路收到這樣的大禮包實在有點苦惱（非分生實驗室，對於這個分析包含
老師都是第一次接觸）
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1F：→ Bows: p value 這代表可信度，不代表量的多寡 07/27 16:21
2F：→ Bows: *這->只 07/27 16:21
3F：→ Bows: go 你要看他所參與的基因表現差異，可以看到每個term中的基 07/27 16:23
4F：→ Bows: 因表現差異量 07/27 16:23
5F：→ Bows: 一般go會把基因高低的資料扁平化，直接抓DEG是有或是無 ， 07/27 16:25
6F：→ Bows: 上升兩倍跟上升20倍都會被歸類在上升的組別 07/27 16:25
7F：→ Bows: go蠻容易忽略掉不少東西的，我個人比較喜歡用GSEA去抓 07/27 16:26
8F：推 hwjuranus: 你和合作醫師的解讀 都不算錯 07/27 20:47
9F：→ hwjuranus: 因為和發炎有關的基因越多 enrichment analysis的p越小 07/27 20:49
10F：→ hwjuranus: 尤其你BC兩結果 p值量級差很多 07/27 20:50
11F：→ hwjuranus: 不過 這不是代表"表現量"變高變低 07/27 20:50
12F：→ hwjuranus: 把那些基因挑出來畫 heatmap 會看更清楚 07/27 20:51
13F：→ hwjuranus: 上面說的GSEA結果確實會比較好 07/27 20:51
14F：→ Qaaaa: 你有原始相對差距值還是只有P值？ 因P的確無法反應量多寡 07/28 09:24
15F：→ o81628: 謝謝Bo,hw前輩的解釋。我會再跟醫生詢問GSEA方式 07/29 00:45
16F：→ o81628: Qaa您好，目前我有拿到原始數據。但依照範例。我有發現被 07/29 00:49
17F：→ o81628: 匡列的基因並不全然有倍率差異（fold change =1)，這使我 07/29 00:49
18F：→ o81628: 有點難從原始數據作解釋qq。不知道您有什麼建議的做法嗎？ 07/29 00:49
19F：→ o81628: 感激不盡 07/29 00:49
20F：→ blence: 你們想從B:A跟C:A之中探究B跟C有無差異,為什麼何不B:C 07/29 20:15
21F：→ blence: 就算用B:A與C:A去做GSEA,也會遇到p值都顯著時怎麼比的情況 07/29 20:19
22F：→ blence: 我覺得你們在B跟C之間缺乏用p值來仲裁,造成結論各說各話 07/29 20:35
23F：→ o81628: 了解，謝謝b大的建議，這部分會與醫師修正比較的組別 07/30 23:49
24F：推 Qaaaa: 常見會在p已經有顯著差距下用2倍差當篩選列出大於2倍差的 08/01 11:52
25F：→ Qaaaa: 先做一些途徑的解讀 如果能看出一些能歸類的 08/01 11:53
26F：→ Qaaaa: 再把小於兩倍差的一起列出當旁證 08/01 11:54