作者o81628 (yuang)
看板Biotech
标题mRNA-seq 解读疑问
时间Sat Jul 27 14:05:48 2024
大家午安啊
小弟与学妹近期突然被老师要求样品送测mRNA-seq与miRNA array。 目前结果已收到，但
对於结果的判读还是有一些不太清楚，想请教前辈们後学观念是否有误。
范例组别
A: Control group
B: Drug 1
C: Drug 2
跑完分析後，拿到GO长条图。
结果范例 [显示-log(p value)数值]
inflammatory response
B vs A : 12
C vs A：5
我自己的解读是经过B处理後的细胞在发炎反应的路径是更具有调控性。相较来说C则没那
麽明显。
不过合作医师的解读是B能让细胞产生更多促进发炎讯号。
我粗浅认为p value是统计差异，原始讯息应该包含高与低，所以不能看到数字越高就解
释表现量的提升。
与医师询问後一直没有个确切的结论出来Orz, 样本是由合作医师去处理委测的流程，所
以也不知道要跟哪个单位确认。
如果我的观念是错的请各位前辈不吝鞭打QvQ
谢谢大家
距离毕业最後一哩路收到这样的大礼包实在有点苦恼（非分生实验室，对於这个分析包含
老师都是第一次接触）
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1F：→ Bows: p value 这代表可信度，不代表量的多寡 07/27 16:21
2F：→ Bows: *这->只 07/27 16:21
3F：→ Bows: go 你要看他所参与的基因表现差异，可以看到每个term中的基 07/27 16:23
4F：→ Bows: 因表现差异量 07/27 16:23
5F：→ Bows: 一般go会把基因高低的资料扁平化，直接抓DEG是有或是无 ， 07/27 16:25
6F：→ Bows: 上升两倍跟上升20倍都会被归类在上升的组别 07/27 16:25
7F：→ Bows: go蛮容易忽略掉不少东西的，我个人比较喜欢用GSEA去抓 07/27 16:26
8F：推 hwjuranus: 你和合作医师的解读 都不算错 07/27 20:47
9F：→ hwjuranus: 因为和发炎有关的基因越多 enrichment analysis的p越小 07/27 20:49
10F：→ hwjuranus: 尤其你BC两结果 p值量级差很多 07/27 20:50
11F：→ hwjuranus: 不过 这不是代表"表现量"变高变低 07/27 20:50
12F：→ hwjuranus: 把那些基因挑出来画 heatmap 会看更清楚 07/27 20:51
13F：→ hwjuranus: 上面说的GSEA结果确实会比较好 07/27 20:51
14F：→ Qaaaa: 你有原始相对差距值还是只有P值？ 因P的确无法反应量多寡 07/28 09:24
15F：→ o81628: 谢谢Bo,hw前辈的解释。我会再跟医生询问GSEA方式 07/29 00:45
16F：→ o81628: Qaa您好，目前我有拿到原始数据。但依照范例。我有发现被 07/29 00:49
17F：→ o81628: 匡列的基因并不全然有倍率差异（fold change =1)，这使我 07/29 00:49
18F：→ o81628: 有点难从原始数据作解释qq。不知道您有什麽建议的做法吗？ 07/29 00:49
19F：→ o81628: 感激不尽 07/29 00:49
20F：→ blence: 你们想从B:A跟C:A之中探究B跟C有无差异,为什麽何不B:C 07/29 20:15
21F：→ blence: 就算用B:A与C:A去做GSEA,也会遇到p值都显着时怎麽比的情况 07/29 20:19
22F：→ blence: 我觉得你们在B跟C之间缺乏用p值来仲裁,造成结论各说各话 07/29 20:35
23F：→ o81628: 了解，谢谢b大的建议，这部分会与医师修正比较的组别 07/30 23:49
24F：推 Qaaaa: 常见会在p已经有显着差距下用2倍差当筛选列出大於2倍差的 08/01 11:52
25F：→ Qaaaa: 先做一些途径的解读 如果能看出一些能归类的 08/01 11:53
26F：→ Qaaaa: 再把小於两倍差的一起列出当旁证 08/01 11:54