作者Meno (今天沒吃藥)
看板Biotech
標題Proteome analysis 結果判斷
時間Fri Aug 27 19:34:31 2021
手機排版，若不方便閱讀還請見諒。
本人沒有proteome的相關經驗，但最近看paper時，作者給了一張 proteome analysis 的
結果，並下了 ABCB1 表現量被上調的結論 （圖片如下）
https://i.imgur.com/26toU3D.jpg
ABCB1 log FC 數值是 -0.45323，我自己的理解是負的，表示表現量較低，但剛好跟作者
的結論相反，這是第一個疑惑的地方。
p-value 和 FDR 這兩個沒有問題，t 和 score （是Z-score嗎？）代表的意義是什麼就
不太了解。
但作者除了圖片上的說明外沒有給額外的資訊，也無從查起如何判讀，因此想詢問版上是
否有人能幫我解惑。
謝謝大家！
※ 編輯: Meno (61.63.154.37 臺灣), 08/27/2021 19:41:49
1F：推 qoo6032119: 是不是其實負的才是表現上升的意思呢08/28 11:45
2F：→ robbercat: log(0.1)=-1以此類推log值爲負數則Fc小於1的正數08/28 11:46
3F：→ robbercat: 舉例LogX=-0.45, X=0.354808/28 11:57
非常謝謝關於數值解惑，原來是我數學不好的部分，好像能明白作者的意思了！
4F：→ xxtomnyxx: 要看作者是拿哪個樣本當分母去算 FC，一般是拿控制組，08/28 21:01
5F：→ xxtomnyxx: 不過如果是拿實驗組(腫瘤樣本)當分母，FC 小於 1 那就08/28 21:01
6F：→ xxtomnyxx: 表示在腫瘤中是增加了。08/28 21:02
7F：推 yuasa: 既然是用Student's t，t應該是指t分布的值。P-value是從t08/28 22:27
8F：→ yuasa: 值轉換而來的。Score不知。08/28 22:27
謝謝兩位的回答，真的幫大忙了！！！
※ 編輯: Meno (223.136.81.200 臺灣), 08/29/2021 18:08:44