作者mor05431 (mor05431)
看板Biotech
標題[求救] imageJ定量SDS-PAGE的強度
時間Sat Aug 7 18:05:06 2021
實驗方式
我是做蛋白質純化的大專生，我純化出數個帶有不同突變的相同蛋白質，用Bradford定量
到相同濃度後要做assay。
為了確保我不同時間做的定量結果都是相同的，所以我會把這些蛋白質在SDS PAGE上跑膠
，用imageJ分析band的強度。
我用imageJ定量的方式
1. 選取我要定量的區域以及相同面積的背景
https://i.imgur.com/hiAAPuR.jpg
2. 定量強度
https://i.imgur.com/NkiMPPw.jpg
3.選擇疊圖
https://i.imgur.com/GwgimB6.jpg
4.疊圖
https://i.imgur.com/WgGBlRU.jpg
遇到的問題
因為我發現我的背景值並不均勻，希望用疊圖的方式消去背景。但好像沒有疊圖後再做面
積定量的網路教學，疊圖後原本的面積定量功能（那個魔法棒？）就不能用了，我也自己
摸索了一陣子都沒有頭緒。
想請問的問題
想請問各位先進，該如何利用imageJ疊圖並去除背景值。上述方法是我自己摸索出來的，
不確定是不是有更合適的方式。如果有其他方法也可以，謝謝各位！
更：解決方法
後來問到隔壁實驗室的方法。是分別定sample跟背景值的訊號再相減，很簡單就解決了哈
哈哈。
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1F：推 CSFV: 如果用眼睛看不出背景有無差別的話，其實沒有必要去消耶08/07 21:33
2F：→ CSFV: 如果要的話，我是土法煉鋼定出每個lane的強度，丟進EXCEL08/07 21:34
3F：→ CSFV: 給他自己去減去08/07 21:35
4F：→ CSFV: 有時候太仰賴電腦定量反而會造成最後結果失真，個人經驗啦08/07 21:36
5F：→ CSFV: 定量結果最好還是要符合眼睛看到的，畢竟放上論文或期刊的是08/07 21:37
6F：→ CSFV: 膠圖本人，口委或審稿人通常還是眼見為憑08/07 21:38
7F：→ mor05431: 但像是我第二張圖片左邊跟右邊的起始值有落差，雖然訊08/07 23:10
8F：→ mor05431: 號高度差不多但是要怎麼選最低點實在有點為難。08/07 23:10
9F：→ mor05431: 而且我這剛好是濃度有一樣的sample, 其他的突變在膠圖上08/07 23:14
10F：→ mor05431: 的濃度肉眼就看的出有差距，需要用imageJ定量修正做assa08/07 23:14
11F：→ mor05431: y時的加入量，所以還是希望要修正的話就修到最好不要被08/07 23:14
12F：→ mor05431: 背景值影響 08/07 23:14
13F：→ mor05431: 但還是謝謝C大的建議，我沒有想過可以直接丟excel去算， 08/07 23:15
14F：→ mor05431: 我會試試看的！08/07 23:15
※ 編輯: mor05431 (110.30.0.230 臺灣), 08/08/2021 19:15:16
15F：→ Ice9: 一般建議背景值不要選同一個 lane。取隔壁的吧，一條就夠了 08/08 21:03
16F：→ Ice9: 。 08/08 21:03
17F：→ mor05431: 請問l大，有什麼特別的理由嗎～ 08/08 22:16
18F：→ mor05431: 我自己覺得同一條lane的疊圖起來比較漂亮才這麼選的， 08/08 22:17
19F：→ mor05431: 不知道一般大家怎麼選的。 08/08 22:17
20F：→ blence: 2不能當背景,要選背景應該是1的第四或第五lane 08/09 13:45
21F：→ Ice9: 有可能純化不夠好，上面有雜物。所以選隔壁。 08/10 08:57
22F：→ Ice9: b大有提到選第五，這是怕第三的樣本不小心跑到第四去 08/10 09:00
23F：→ mor05431: 了解，我會比較看看這些方法 謝謝！ 08/10 21:14