作者nm768417 (opport)
看板Biotech
標題[求救] 第三代定序軟體推薦
時間Wed May 19 09:51:00 2021
小弟我大學生
最近實驗室開始在進行第三代定序的東西
雖然有送樣本去分析
但回來的結果不太知道要怎麼處理
有推薦的軟體嗎
有上過網查過Pacbio的軟體
但好像是用不是windows或是Mac os
所以不太清楚怎麼用
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1F：推 lelojack: 你要先說是DNA RNA Meta吧。很多工具可以做三代定序分析 05/19 12:22
2F：→ Godkin: 分析三代定序資料很簡單啊~ 05/19 12:29
3F：推 july81212: terminal 05/20 13:29
4F：→ serotoninUP: 看你要做哪種分析跟哪個定序平台。但不論如何，學會L 05/21 23:30
5F：→ serotoninUP: inux會方便很多，很多軟體都只能用Linux 05/21 23:30
6F：推 lelojack: 也不一定要學Linux,直上docker了啦 05/22 00:00
7F：→ nm768417: 我有用過meta G分析，但後來再把它分析出來的結果拿去bl 05/22 16:30
8F：→ nm768417: ast之後，發現沒辦法比對到，也就是說meta G判讀出來的 05/22 16:30
9F：→ nm768417: 序列歸類並不是跟NCBI上給的序列一樣 05/22 16:30
10F：推 lelojack: 這樣的敘述仍有不少發散的步驟，但最有可能問題是NCBI 05/23 05:41
11F：→ lelojack: 的物種資訊跟metaG用的資料庫不同，你需要確認metaG用 05/23 05:41
12F：→ lelojack: 的資料庫 05/23 05:41
13F：→ nm768417: 由於是比對病毒，所以我用metaG上給的ICTV的病毒資料庫 05/25 17:50
14F：→ Godkin: 三代定序資料的前處理很重要 05/25 19:08
15F：→ nm768417: 那前處理的部分是要怎麼做 05/26 18:00
16F：→ Godkin: 這要看你的三代是哪家的三代囉 06/07 12:23