作者grazzilybear ()
看板Biotech
標題[閒聊] 台灣蛋白體需求
時間Sat May 23 10:15:56 2020
本身自己是在蛋白體這領域，目前在國外國家實驗室工作。因為以前在台灣的時候，很多
生物實驗室並不是很相信質譜儀所給的數據。但到了國外發現蛋白體不管在學術界或業界
似乎發展都不錯。有點好奇想問各位在生物領域的夥伴。平常實驗時會考慮使用蛋白質體
實驗幫你回答生物問題嗎？若是不會考慮主要因素是什麼？
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1F：→ Qaaaa: 沒錢啦 不然基因體蛋白質體通通做啊 05/23 14:31
2F：→ Qaaaa: 而且台灣其實做很多 是不是有意義的研究不知 但並不少 05/23 14:33
3F：→ Qaaaa: 因為你會拿到滿手資料 但下一步要做什麼很多人沒想法 05/23 14:35
4F：→ blence: 前置準備不易...跟RNA比我覺得是這個 05/23 15:01
5F：→ xxtomnyxx: 基因體就抽個RNA就可以送了，蛋白質體...... 05/23 20:05
6F：→ xxtomnyxx: 就算你 IP 到目標蛋白，你要拿什麼當 positive control 05/23 20:06
7F：→ xxtomnyxx: 證明樣本中有 co-IP 到目標與蛋白有作用的其他蛋白？ 05/23 20:07
8F：→ xxtomnyxx: 還要想辦法排除非專一IP的問題，搞個3年都不見得能解決 05/23 20:08
9F：→ grazzilybear: 錢應該是個問題。所以另外問題是數據分析囉？但基因 05/23 23:49
10F：→ grazzilybear: 體數據也是龐大？若是IP實驗目前許多實驗室的文章 05/23 23:49
11F：→ grazzilybear: 都證明IP已經不太是問題。相對基因體蛋白體不是才是 05/23 23:49
12F：→ grazzilybear: 有function 的表現甚至可以幫你看PTM? 05/23 23:49
13F：→ blence: 或許不是很正式的比較,我送一個pulldown鑑定約10k,RNAseq 05/24 00:12
14F：→ blence: 約30k,反而比較便宜 05/24 00:12
15F：→ blence: 說前置準備,RNA有kit,隨便60mm dish細胞收的量就可以送 05/24 00:12
16F：→ blence: 做蛋白鑑定,像IP可能要求起始量500ug以上,其它還有要求 05/24 00:12
17F：→ blence: 自己先做膠體純化,自己換buffer,或濃縮等等 05/24 00:14
18F：→ blence: 對許多實驗室而言,蛋白體服務就不是那麼友善 05/24 00:17
19F：→ xxtomnyxx: RNA別說60mm dish，我用12-well單孔抽的送去廠商都誇 05/24 00:29
20F：→ xxtomnyxx: RNA品質非常好了，但是連用100mm dish做的IP都不一定壓 05/24 00:30
21F：→ xxtomnyxx: 的到之前YTH證明過會有交互作用的蛋白。然後數據分析 05/24 00:30
22F：→ xxtomnyxx: 我認為反而是最不困難的，現在有太多分析可以做，在已 05/24 00:31
23F：→ xxtomnyxx: 經有candidate的狀況下co-IP打MASS出來的一堆蛋白中有 05/24 00:32
24F：→ xxtomnyxx: 那麼幾個可以和candidate的pathway扯上關係，就把那幾 05/24 00:33
25F：→ xxtomnyxx: 個往死裡打就好了。 05/24 00:33
26F：→ grazzilybear: 感謝各位解說，那如果有一個中心你們只需把樣品給他 05/24 00:36
27F：→ grazzilybear: 們後續什麼步驟都能幫你們完成，並且提供初步數據 05/24 00:36
28F：→ grazzilybear: 解釋那你們會想要跨蛋白體這領域嗎？ 05/24 00:36
29F：推 cyc5566: 這樣的確很有吸引力 05/24 00:56
30F：→ blence: 給個樣品是很模糊的說法,是包括代做IP嗎？ 05/24 01:03
31F：→ blence: 如果一般的protein assay的樣品可以無縫轉送服務,就可以 05/24 01:05
32F：→ blence: 或至少讓人不排斥使用蛋白體分析 05/24 01:07
33F：→ xxtomnyxx: 目前我知道最多的只有到可以送resin，廠商從elute開始 05/24 01:24
34F：→ xxtomnyxx: 做，如果要到送lysate，技術部門的IP能力是個考驗，然 05/24 01:26
35F：→ xxtomnyxx: 而一但口碑建立起來，這絕對有市場 05/24 01:26
36F：→ grazzilybear: 對，從IP開始。或是其他生物實驗只要你們做好生物 05/24 02:28
37F：→ grazzilybear: 的加藥或是任何動物實驗後面交給專業團隊做lysis定 05/24 02:28
38F：→ grazzilybear: 量等等等蛋白質體實驗。我的想法是業界通常不可能 05/24 02:28
39F：→ grazzilybear: 為了蛋白體實驗多訓練或聘人，若有一個core可以包 05/24 02:28
40F：→ grazzilybear: 辦這些事情的話可能不錯 05/24 02:28
41F：推 lingon: Proteomic 實驗貴, 分析師難找, 要收支平衡不簡單 05/28 03:47
42F：推 captdavince: 曾經想做，收了樣本，送了蛋白質體的實驗室，但是回 05/28 13:11
43F：→ captdavince: 來的data也一頭霧水.就這樣一直放著 05/28 13:12
44F：推 jeff790906: 就我所知 目前沒辦法做到每個protein的絕對定量 應用 06/11 21:20
45F：→ jeff790906: 會受限 06/11 21:20