作者grazzilybear ()
看板Biotech
标题[闲聊] 台湾蛋白体需求
时间Sat May 23 10:15:56 2020
本身自己是在蛋白体这领域，目前在国外国家实验室工作。因为以前在台湾的时候，很多
生物实验室并不是很相信质谱仪所给的数据。但到了国外发现蛋白体不管在学术界或业界
似乎发展都不错。有点好奇想问各位在生物领域的夥伴。平常实验时会考虑使用蛋白质体
实验帮你回答生物问题吗？若是不会考虑主要因素是什麽？
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1F：→ Qaaaa: 没钱啦 不然基因体蛋白质体通通做啊 05/23 14:31
2F：→ Qaaaa: 而且台湾其实做很多 是不是有意义的研究不知 但并不少 05/23 14:33
3F：→ Qaaaa: 因为你会拿到满手资料 但下一步要做什麽很多人没想法 05/23 14:35
4F：→ blence: 前置准备不易...跟RNA比我觉得是这个 05/23 15:01
5F：→ xxtomnyxx: 基因体就抽个RNA就可以送了，蛋白质体...... 05/23 20:05
6F：→ xxtomnyxx: 就算你 IP 到目标蛋白，你要拿什麽当 positive control 05/23 20:06
7F：→ xxtomnyxx: 证明样本中有 co-IP 到目标与蛋白有作用的其他蛋白？ 05/23 20:07
8F：→ xxtomnyxx: 还要想办法排除非专一IP的问题，搞个3年都不见得能解决 05/23 20:08
9F：→ grazzilybear: 钱应该是个问题。所以另外问题是数据分析罗？但基因 05/23 23:49
10F：→ grazzilybear: 体数据也是庞大？若是IP实验目前许多实验室的文章 05/23 23:49
11F：→ grazzilybear: 都证明IP已经不太是问题。相对基因体蛋白体不是才是 05/23 23:49
12F：→ grazzilybear: 有function 的表现甚至可以帮你看PTM? 05/23 23:49
13F：→ blence: 或许不是很正式的比较,我送一个pulldown监定约10k,RNAseq 05/24 00:12
14F：→ blence: 约30k,反而比较便宜 05/24 00:12
15F：→ blence: 说前置准备,RNA有kit,随便60mm dish细胞收的量就可以送 05/24 00:12
16F：→ blence: 做蛋白监定,像IP可能要求起始量500ug以上,其它还有要求 05/24 00:12
17F：→ blence: 自己先做胶体纯化,自己换buffer,或浓缩等等 05/24 00:14
18F：→ blence: 对许多实验室而言,蛋白体服务就不是那麽友善 05/24 00:17
19F：→ xxtomnyxx: RNA别说60mm dish，我用12-well单孔抽的送去厂商都夸 05/24 00:29
20F：→ xxtomnyxx: RNA品质非常好了，但是连用100mm dish做的IP都不一定压 05/24 00:30
21F：→ xxtomnyxx: 的到之前YTH证明过会有交互作用的蛋白。然後数据分析 05/24 00:30
22F：→ xxtomnyxx: 我认为反而是最不困难的，现在有太多分析可以做，在已 05/24 00:31
23F：→ xxtomnyxx: 经有candidate的状况下co-IP打MASS出来的一堆蛋白中有 05/24 00:32
24F：→ xxtomnyxx: 那麽几个可以和candidate的pathway扯上关系，就把那几 05/24 00:33
25F：→ xxtomnyxx: 个往死里打就好了。 05/24 00:33
26F：→ grazzilybear: 感谢各位解说，那如果有一个中心你们只需把样品给他 05/24 00:36
27F：→ grazzilybear: 们後续什麽步骤都能帮你们完成，并且提供初步数据 05/24 00:36
28F：→ grazzilybear: 解释那你们会想要跨蛋白体这领域吗？ 05/24 00:36
29F：推 cyc5566: 这样的确很有吸引力 05/24 00:56
30F：→ blence: 给个样品是很模糊的说法,是包括代做IP吗？ 05/24 01:03
31F：→ blence: 如果一般的protein assay的样品可以无缝转送服务,就可以 05/24 01:05
32F：→ blence: 或至少让人不排斥使用蛋白体分析 05/24 01:07
33F：→ xxtomnyxx: 目前我知道最多的只有到可以送resin，厂商从elute开始 05/24 01:24
34F：→ xxtomnyxx: 做，如果要到送lysate，技术部门的IP能力是个考验，然 05/24 01:26
35F：→ xxtomnyxx: 而一但口碑建立起来，这绝对有市场 05/24 01:26
36F：→ grazzilybear: 对，从IP开始。或是其他生物实验只要你们做好生物 05/24 02:28
37F：→ grazzilybear: 的加药或是任何动物实验後面交给专业团队做lysis定 05/24 02:28
38F：→ grazzilybear: 量等等等蛋白质体实验。我的想法是业界通常不可能 05/24 02:28
39F：→ grazzilybear: 为了蛋白体实验多训练或聘人，若有一个core可以包 05/24 02:28
40F：→ grazzilybear: 办这些事情的话可能不错 05/24 02:28
41F：推 lingon: Proteomic 实验贵, 分析师难找, 要收支平衡不简单 05/28 03:47
42F：推 captdavince: 曾经想做，收了样本，送了蛋白质体的实验室，但是回 05/28 13:11
43F：→ captdavince: 来的data也一头雾水.就这样一直放着 05/28 13:12
44F：推 jeff790906: 就我所知 目前没办法做到每个protein的绝对定量 应用 06/11 21:20
45F：→ jeff790906: 会受限 06/11 21:20