作者KeMBaWallKer (永和送重機)
看板Biotech
標題[求救] 在線急！Mega 7 alignment 卡住
時間Wed Mar 18 09:47:03 2020
小弟剛入這行，請教各位前輩，
昨天晚上10點將488段COVID19 whole genome匯入Mega 7做序列分析排比，
在alignment階
段卻跑了將近12小時後還卡在這裡，
https://i.imgur.com/psGaMXC.jpg
進度條出現一點點的綠色線，
https://i.imgur.com/RBjjNNS.jpg
請問我還能繼續讓他跑嗎？
很怕他永遠跑不完我也沒辦法繼續做實驗，
還是應該換個分析方法？
附上我的筆電規格
https://i.imgur.com/MN6VMav.jpg
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※ 編輯: KeMBaWallKer (101.13.233.85 臺灣), 03/18/2020 09:47:56
1F：推 lelojack: 記憶體不足。multiple alignment很吃記憶體03/18 13:58
2F：→ lelojack: 你可以看看你的記憶體是不是滿的03/18 13:58
3F：→ lelojack: 而且就算拼出來。你也看不懂03/18 13:59
4F：→ lelojack: 建議你去對特定基因比較好03/18 14:00
了解，那請問要多少記憶體才夠？
想說換一台電腦試試，
如果真的不行再切特定序列。
※ 編輯: KeMBaWallKer (101.13.233.85 臺灣), 03/18/2020 14:08:36
5F：推 jabari: MUSCLE... 不過跟你老闆講 現在一堆人在跑這個 等兩天去bi 03/18 14:56
6F：→ jabari: oxriv撈就有分析結果 03/18 14:56
7F：推 lelojack: 粗估一張20K Genome pair alignment matrix表格占3Gb， 03/18 15:13
8F：→ lelojack: 你要算400*399/2張表格，不過MLA演算法可以分批跑不用加 03/18 15:13
9F：→ lelojack: 起來，考慮到你電腦也有背景使用記憶體，我覺得RAM16G 03/18 15:13
10F：→ lelojack: 應該可以，剩下就是跑8萬張表格的時間 03/18 15:13
11F：推 lelojack: 更正MSA method 03/18 19:27
12F：推 Ianthegood: 釣出一堆神人XD 03/19 00:39
13F：→ Ianthegood: 推去arxiv撈啦 人家都用cluster跑alignment跑樹的 03/19 00:40