作者KeMBaWallKer (永和送重机)
看板Biotech
标题[求救] 在线急！Mega 7 alignment 卡住
时间Wed Mar 18 09:47:03 2020
小弟刚入这行，请教各位前辈，
昨天晚上10点将488段COVID19 whole genome汇入Mega 7做序列分析排比，
在alignment阶
段却跑了将近12小时後还卡在这里，
https://i.imgur.com/psGaMXC.jpg
进度条出现一点点的绿色线，
https://i.imgur.com/RBjjNNS.jpg
请问我还能继续让他跑吗？
很怕他永远跑不完我也没办法继续做实验，
还是应该换个分析方法？
附上我的笔电规格
https://i.imgur.com/MN6VMav.jpg
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※ 编辑: KeMBaWallKer (101.13.233.85 台湾), 03/18/2020 09:47:56
1F：推 lelojack: 记忆体不足。multiple alignment很吃记忆体03/18 13:58
2F：→ lelojack: 你可以看看你的记忆体是不是满的03/18 13:58
3F：→ lelojack: 而且就算拼出来。你也看不懂03/18 13:59
4F：→ lelojack: 建议你去对特定基因比较好03/18 14:00
了解，那请问要多少记忆体才够？
想说换一台电脑试试，
如果真的不行再切特定序列。
※ 编辑: KeMBaWallKer (101.13.233.85 台湾), 03/18/2020 14:08:36
5F：推 jabari: MUSCLE... 不过跟你老板讲 现在一堆人在跑这个 等两天去bi 03/18 14:56
6F：→ jabari: oxriv捞就有分析结果 03/18 14:56
7F：推 lelojack: 粗估一张20K Genome pair alignment matrix表格占3Gb， 03/18 15:13
8F：→ lelojack: 你要算400*399/2张表格，不过MLA演算法可以分批跑不用加 03/18 15:13
9F：→ lelojack: 起来，考虑到你电脑也有背景使用记忆体，我觉得RAM16G 03/18 15:13
10F：→ lelojack: 应该可以，剩下就是跑8万张表格的时间 03/18 15:13
11F：推 lelojack: 更正MSA method 03/18 19:27
12F：推 Ianthegood: 钓出一堆神人XD 03/19 00:39
13F：→ Ianthegood: 推去arxiv捞啦 人家都用cluster跑alignment跑树的 03/19 00:40