作者yaes111 (顆顆)
看板Biotech
標題[求救] 請問k-nearest neighbors圖該怎麼判讀
時間Wed Oct 23 16:53:35 2019
最近看了一篇paper
(PMID: 31257031 DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.054)
Results的部分有許多kNN graph
查詢了一下發現kNN算是一種演算法
但是找了些資訊還是不太懂該怎麼判讀它的結果
這邊是看immune cells
我自己理解為是在看這些immune cells在此篇研究中的處理後
細胞間相互關係是否改變
但看了看結果圖又總覺得跟我的理解不同
1.
https://i.imgur.com/CosBTtL.jpg
2.
https://i.imgur.com/KJQrRNF.jpg
像圖1.D及2.C就是在看給予更長週數的HFD後
會表現更多的macrophage
就如圖上綠點增加這樣
我這樣理解是正確的嗎?
還請各位不吝指教
感謝!
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1F：推 tynse71864: 那天聽完演講，但不知是否都正確，有請其他人補正惹 10/23 17:59
2F：→ tynse71864: 他是用scRNA-seq 跟Barocde-polydT去分辨不同族群 10/23 18:01
3F：→ tynse71864: (由於每種cell type表現的RNA都有差異，可以這樣做)\ 10/23 18:02
4F：→ tynse71864: 你的判讀是對的: HFD後MΦ上升，Treg跟ILC下降 10/23 18:04
5F：→ tynse71864: 就看哪一區點點變多變少來決定 10/23 18:05
6F：推 tynse71864: 我倒是看不懂2C的heatmap qq求救 10/23 18:07
7F：推 lelojack: 原來knn可以分這麼好啊 10/23 21:28
8F：→ blence: 2C應該不是簡單的說microphage增加,而是某express cluster 10/23 21:54
9F：→ blence: macrophage 10/23 21:55
10F：→ blence: 的macrophage增加,如果只是要看macrophage數量,直接用FACS 10/23 21:56
11F：→ blence: 就好,所以是HFD侷限的改變特定細胞內的基因表現 10/23 22:02
12F：→ yaes111: 所以真的只是看點點跟群聚 我當初還很困惑哈 10/24 00:21
13F：推 lingon: knn 是clustering algo, plot 大概是用tSNE 10/29 02:35