作者yaes111 (颗颗)
看板Biotech
标题[求救] 请问k-nearest neighbors图该怎麽判读
时间Wed Oct 23 16:53:35 2019
最近看了一篇paper
(PMID: 31257031 DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.054)
Results的部分有许多kNN graph
查询了一下发现kNN算是一种演算法
但是找了些资讯还是不太懂该怎麽判读它的结果
这边是看immune cells
我自己理解为是在看这些immune cells在此篇研究中的处理後
细胞间相互关系是否改变
但看了看结果图又总觉得跟我的理解不同
1.
https://i.imgur.com/CosBTtL.jpg
2.
https://i.imgur.com/KJQrRNF.jpg
像图1.D及2.C就是在看给予更长周数的HFD後
会表现更多的macrophage
就如图上绿点增加这样
我这样理解是正确的吗?
还请各位不吝指教
感谢!
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1F：推 tynse71864: 那天听完演讲，但不知是否都正确，有请其他人补正惹 10/23 17:59
2F：→ tynse71864: 他是用scRNA-seq 跟Barocde-polydT去分辨不同族群 10/23 18:01
3F：→ tynse71864: (由於每种cell type表现的RNA都有差异，可以这样做)\ 10/23 18:02
4F：→ tynse71864: 你的判读是对的: HFD後MΦ上升，Treg跟ILC下降 10/23 18:04
5F：→ tynse71864: 就看哪一区点点变多变少来决定 10/23 18:05
6F：推 tynse71864: 我倒是看不懂2C的heatmap qq求救 10/23 18:07
7F：推 lelojack: 原来knn可以分这麽好啊 10/23 21:28
8F：→ blence: 2C应该不是简单的说microphage增加,而是某express cluster 10/23 21:54
9F：→ blence: macrophage 10/23 21:55
10F：→ blence: 的macrophage增加,如果只是要看macrophage数量,直接用FACS 10/23 21:56
11F：→ blence: 就好,所以是HFD局限的改变特定细胞内的基因表现 10/23 22:02
12F：→ yaes111: 所以真的只是看点点跟群聚 我当初还很困惑哈 10/24 00:21
13F：推 lingon: knn 是clustering algo, plot 大概是用tSNE 10/29 02:35