作者premire (熱騰騰的泡麵)
看板Biotech
標題[求救] 有關找出co-expressed genes的方法
時間Sat Oct 5 20:09:07 2019
各位版上專業大大好
想請教如果有找到一個candidated gene 並且想用bioformaticsz方式運用
線上專業資料庫(如TCGA)下載microarray data
如果手邊已經有以上資料
要如何找出與candicated gene 有co-expression的相關genes呢?
(看paper是以heatmap或 network呈現，實在很想學)
謝謝QQ
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1F：推 ampicillin: co-expression是什麼意思？ 10/05 20:23
2F：→ premire: 共同表現的基因 10/05 20:47
3F：→ blence: TCGA剛好不是array data 10/05 22:26
4F：推 huuban: 把各基因的表現量變化用統計方式計算相關性就是了 10/06 15:24
5F：→ huuban: 簡易的network只是把有相關性的兩個基因用線相連而已 10/06 15:25
6F：→ Godkin: Try WGCNA 10/06 20:19
7F：推 lingon: TCGA有array跟RNASeq,最常用的事WGCNA,不過你想要回答什麼 10/07 21:02
8F：→ lingon: 什麼問題.... 10/07 21:02
9F：推 lelojack: 其實這個問題沒這麼罪不可赦，只是你不懂怎麼問生物資訊 10/12 19:42
10F：→ lelojack: 的問題，首先你如果有excel可以看相關性（Pearson or sp 10/12 19:42
11F：→ lelojack: earmen ），找出相關性的基因配對再用cytoscape做網路， 10/12 19:42
12F：→ lelojack: 或者用clust3.0做heatmap， 這些工具我已經點出關鍵字， 10/12 19:42
13F：→ lelojack: 細節跟技巧需要你自己尋找。這就是專業。 10/12 19:42
14F：→ fallensam: 感覺這不是三言兩語可以解決的問題 沒碰過生資不要問我 10/13 18:03
15F：→ fallensam: ? 10/13 18:03