作者premire (热腾腾的泡面)
看板Biotech
标题[求救] 有关找出co-expressed genes的方法
时间Sat Oct 5 20:09:07 2019
各位版上专业大大好
想请教如果有找到一个candidated gene 并且想用bioformaticsz方式运用
线上专业资料库(如TCGA)下载microarray data
如果手边已经有以上资料
要如何找出与candicated gene 有co-expression的相关genes呢?
(看paper是以heatmap或 network呈现，实在很想学)
谢谢QQ
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1F：推 ampicillin: co-expression是什麽意思？ 10/05 20:23
2F：→ premire: 共同表现的基因 10/05 20:47
3F：→ blence: TCGA刚好不是array data 10/05 22:26
4F：推 huuban: 把各基因的表现量变化用统计方式计算相关性就是了 10/06 15:24
5F：→ huuban: 简易的network只是把有相关性的两个基因用线相连而已 10/06 15:25
6F：→ Godkin: Try WGCNA 10/06 20:19
7F：推 lingon: TCGA有array跟RNASeq,最常用的事WGCNA,不过你想要回答什麽 10/07 21:02
8F：→ lingon: 什麽问题.... 10/07 21:02
9F：推 lelojack: 其实这个问题没这麽罪不可赦，只是你不懂怎麽问生物资讯 10/12 19:42
10F：→ lelojack: 的问题，首先你如果有excel可以看相关性（Pearson or sp 10/12 19:42
11F：→ lelojack: earmen ），找出相关性的基因配对再用cytoscape做网路， 10/12 19:42
12F：→ lelojack: 或者用clust3.0做heatmap， 这些工具我已经点出关键字， 10/12 19:42
13F：→ lelojack: 细节跟技巧需要你自己寻找。这就是专业。 10/12 19:42
14F：→ fallensam: 感觉这不是三言两语可以解决的问题 没碰过生资不要问我 10/13 18:03
15F：→ fallensam: ? 10/13 18:03