作者shofu0913 (Shofu)
看板Biotech
標題[討論]不太懂 RNA pull down assay
時間Sun Apr 14 22:19:20 2019
看paper時看到一個RNA pull down assay的技術
餵狗之後大部分都是看protein-protein interaction的pull down
只有在到thermo官網看到RNA pull down assay的簡介
不太懂的是這個技術到底是從已知的RNA去找未知的protein
還是兩者都未知
然後magnetic bead是用磁力把他抓下來還是??
謝謝各位大大
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1F：→ GG810424: 您的理解要從兩面向思考您會更清楚，RNA 已知，形成RNA 04/15 02:19
2F：→ GG810424: protein complex. 怎麼找未知protein ？MS Protein ID 04/15 02:19
3F：→ GG810424: Protein 用已知的，然後將Protein RNA complex 抓下來， 04/15 02:23
4F：→ GG810424: coat on beads ，然後去把RNA序列解出來，但是未知的RNA 04/15 02:23
5F：→ GG810424: 要怎麼定序，這就不清楚了，沒有primer 的序列無法放大 04/15 02:23
6F：→ GG810424: 那個未知的片段。 04/15 02:23
7F：推 Ianthegood: 樓上 通常這種抓下來會ligate上dna oilgo再pcr送ngs 04/15 03:06
8F：推 Ianthegood: 兩種都有 現在也開始有系統生物學方法開始大規模看全 04/15 03:08
9F：→ Ianthegood: 部的RNP 04/15 03:08
10F：推 Ianthegood: beads最常見是coat streptavidin, magnetic只是方便你 04/15 06:11
11F：→ Ianthegood: wash, 用一顆磁鐵就可以拉下來不用離心 04/15 06:11
12F：→ Ice9: 這技術主要是以已知RNA為象去抓下RNA-protein complex中的東 04/17 01:12
13F：→ Ice9: 西。細節要看M&M上的描述。一般是看complex上有哪些proteins 04/17 01:14
14F：→ Ice9: protein-protein interaction 的pull down用不到RNA。 04/17 01:16