作者leon00521 (Tsuna00521)
看板Biotech
標題[求救] 想從轉錄體釣取表現的基因
時間Mon Mar 18 16:02:03 2019
小弟目前有個專題
要分析細菌可能產出的代謝物
想從genome去尋找gene cluster
目前已知在特定環境下能產生具功能性的代謝物(結構與種類無法鑑定出來)
想偵測該環境下會表現的基因來縮小範圍
(並非比較不同狀況下基因的表現差異 只是想知道有誰會表現而已)
但過去沒有相關實驗經驗
想詢問板上大大們 使用RNA-seq還是microarray比較好？
謝謝大家
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1F：推 lelojack: array有你的細菌版本嗎？ 原核生物我覺得只有rna-seq， 03/18 19:33
2F：→ lelojack: 沒有其他選擇 03/18 19:33
3F：推 Ianthegood: 是說就算有candidate gene要infer代謝物還是超難吧 03/18 21:31
4F：→ leon00521: 確實如樓上大大所述 雖然網路上有一些database可以推 03/18 22:31
5F：→ leon00521: 測代謝物 但是目前資訊仍然嚴重不足 只是老闆還是想要 03/18 22:31
6F：→ leon00521: 賭賭看 03/18 22:31
7F：推 lelojack: 資料庫不足嗎？ 一般而言細菌基因-代謝物資料庫相對非 03/19 00:48
8F：→ lelojack: 模式生物而言是完整的，可能要看你怎麼定義什麼是完整 03/19 00:48
9F：推 july81212: genome 拿去database推生合成gene cluster後 RNA-seq 03/19 08:48
10F：→ july81212: 可以輔助你縮小可能的cluster但想要知道是什麼化合物 03/19 08:48
11F：→ july81212: 還是老實的分純鑑定吧 03/19 08:48