作者leon00521 (Tsuna00521)
看板Biotech
标题[求救] 想从转录体钓取表现的基因
时间Mon Mar 18 16:02:03 2019
小弟目前有个专题
要分析细菌可能产出的代谢物
想从genome去寻找gene cluster
目前已知在特定环境下能产生具功能性的代谢物(结构与种类无法监定出来)
想侦测该环境下会表现的基因来缩小范围
(并非比较不同状况下基因的表现差异 只是想知道有谁会表现而已)
但过去没有相关实验经验
想询问板上大大们 使用RNA-seq还是microarray比较好？
谢谢大家
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 49.216.20.172
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Biotech/M.1552896126.A.37A.html
1F：推 lelojack: array有你的细菌版本吗？ 原核生物我觉得只有rna-seq， 03/18 19:33
2F：→ lelojack: 没有其他选择 03/18 19:33
3F：推 Ianthegood: 是说就算有candidate gene要infer代谢物还是超难吧 03/18 21:31
4F：→ leon00521: 确实如楼上大大所述 虽然网路上有一些database可以推 03/18 22:31
5F：→ leon00521: 测代谢物 但是目前资讯仍然严重不足 只是老板还是想要 03/18 22:31
6F：→ leon00521: 赌赌看 03/18 22:31
7F：推 lelojack: 资料库不足吗？ 一般而言细菌基因-代谢物资料库相对非 03/19 00:48
8F：→ lelojack: 模式生物而言是完整的，可能要看你怎麽定义什麽是完整 03/19 00:48
9F：推 july81212: genome 拿去database推生合成gene cluster後 RNA-seq 03/19 08:48
10F：→ july81212: 可以辅助你缩小可能的cluster但想要知道是什麽化合物 03/19 08:48
11F：→ july81212: 还是老实的分纯监定吧 03/19 08:48