作者kikko1805 (耕枳居士)
看板Biotech
標題[求救] 看不懂paper中的分析方法(MI)
時間Sun Oct 14 17:09:39 2018
各位板友好
下周在實驗室要報journal club
選了Nature的這篇
The interaction landscape between transcription factors and the nucleosome
https://www.nature.com/articles/s41586-018-0549-5
但Fig.1b就卡住了...
我能夠理解這張圖所代表的"意義"，例如position上signal的強弱可以代表TF結合的位置
但是我不懂這張圖是怎麼"做出來的"，例如上面的SELEX library是代表一條DNA ligand，
還是某個TF抓下來的所有ligand，裡面所有3-mer 核甘酸的組合，才去做position的分析?
(例如TF"1號"抓到很多條DNA ligand，而這些ligand裡面有出現過ATG ACG TGT TTC
這四種組合的核甘酸，那就分析如果ATG出現在1號位置時，4號位置有沒有也出現過，
有的話就代表有訊號，最後再把ATG、ACG、TGT、TTC這四張圖疊加起來，
變成paper上看到的那張圖?)
雖然其他地方照著我所理解的"意義"去解釋我都可以看得懂，但如果不知道原理
好像會被老師電慘慘QQ
希望有板友能幫忙
謝謝!!
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.52.172
※ 文章網址: https://webptt.com/m.aspx?n=bbs/Biotech/M.1539508182.A.ACC.html
1F：→ xxtomnyxx: 你怎麼會想選一篇你看不懂的 paper 報 seminar XDDD 10/14 17:22
我本來以為我看得懂T_T 看下去之後發現第一個技術看不懂 但我已經看下去了...
重點是這篇跟我研究有點關係，所以我也不想放棄他QAQ
2F：→ tynse71864: 勇於挑戰人生 (？ 10/14 17:23
3F：→ xxtomnyxx: 這篇 paper 難就難在第一個技術，看懂了就通了。這個研 10/14 17:25
4F：→ xxtomnyxx: 就我很有興趣，看我能不能在今晚把它看懂吧w 10/14 17:25
※ 編輯: kikko1805 (140.112.52.172), 10/14/2018 17:32:10
5F：→ Ianthegood: 哎呦我們系上發的耶XD 略讀了一下 兩個軸分別是NCAP- 10/15 05:42
6F：→ Ianthegood: 跟HT-selex 用TF做correlation? 10/15 05:42
7F：→ Ianthegood: library就是一堆3-mer的nucleotide 序列已知 10/15 05:43
8F：→ Ianthegood: sorry亂看 好好讀了再回 10/15 05:49
===
9F：→ Ianthegood: 1b左邊那個是把一條DNA拆成一堆3mer一字排開做成xy軸 10/15 06:23
10F：→ Ianthegood: 排出有相關的兩個3mer 再把所有DNA的heatmap疊起來 10/15 06:24
===
這段還是有點不懂QQ
是指說我把所有某個TF定序到的ligand，拆成一堆3mer，然後計算這些3mer兩兩之間的相關性
(例如當ATG出現時，TCC有90%的機率會出現)
再把兩種3mer放在MI圖xy軸的library上，去計算這兩種3mer在位置上的相關性...嗎？
11F：→ Ianthegood: 所以左下到右上的對角就會是nucleosome必然的相關性線 10/15 06:26
12F：→ Ianthegood: 假設binding發生在1-6nt或是10-15nt, 就會在pos1-1 10/15 06:27
13F：→ Ianthegood: pos2-2跟pos1-4 pos2-5這樣 10/15 06:27
14F：→ Ianthegood: 越往裡面就是兩個有相關的3mer隔越遠 所以推論是TF 10/15 06:28
15F：→ Ianthegood: 右邊是把左圖次數最多的match抓出來, 因為nucleosome 10/15 06:33
16F：→ Ianthegood: 專一性很低會亂抓, 所以只要抓次數最高的就是專一性高 10/15 06:34
17F：→ Ianthegood: 就能把nucelsome的訊號filter掉 10/15 06:34
※ 編輯: kikko1805 (140.112.52.172), 10/15/2018 09:31:13
18F：推 asdfgpooh: X軸、Y軸的意思應該是把那段DNA分成3-mer一組，heatmap 10/15 12:20
19F：→ asdfgpooh: 顯示的是不同組3-mer之間的相關性，用Enrichment-MI處 10/15 12:20
20F：→ asdfgpooh: 理之後，filter掉nucleosome的訊號 10/15 12:20
21F：→ Ianthegood: 每一條序列都拆成3mer的小片段 同時鋪開成xy軸 所以xy 10/15 17:45
22F：→ Ianthegood: 軸基本上是一樣的 10/15 17:45
23F：→ Ianthegood: 每個序列都有自己以所有TF跟nucleosome做成的一張heat 10/15 17:46
24F：→ Ianthegood: map 10/15 17:46
25F：→ Ianthegood: 把所有的heatmap疊起來 又是1b右邊 10/15 17:46
26F：→ Ianthegood: heatmap的做法是 只要有任何TF或nucleosome同時抓到 10/15 17:51
27F：→ Ianthegood: 兩段3mer 這個interaction就會在map上加深顏色 10/15 17:51
28F：推 GG810424: 你可以直接寄信問作者，通常都會願意回，除非不是他做 10/17 02:46
29F：→ GG810424: 的。不願意不是太忙就是極大可能他心裡有鬼，又或是他 10/17 02:46
30F：→ GG810424: 表達的不夠清楚，審理的人也看不懂就讓他過了。 10/17 02:46
31F：→ Ianthegood: 他寫的其實沒有不清楚 只是在supp裡面還用數學公式表 10/17 07:14
32F：→ Ianthegood: 示 而且他應該滿忙的XD 10/17 07:14