作者kikko1805 (耕枳居士)
看板Biotech
标题[求救] 看不懂paper中的分析方法(MI)
时间Sun Oct 14 17:09:39 2018
各位板友好
下周在实验室要报journal club
选了Nature的这篇
The interaction landscape between transcription factors and the nucleosome
https://www.nature.com/articles/s41586-018-0549-5
但Fig.1b就卡住了...
我能够理解这张图所代表的"意义"，例如position上signal的强弱可以代表TF结合的位置
但是我不懂这张图是怎麽"做出来的"，例如上面的SELEX library是代表一条DNA ligand，
还是某个TF抓下来的所有ligand，里面所有3-mer 核甘酸的组合，才去做position的分析?
(例如TF"1号"抓到很多条DNA ligand，而这些ligand里面有出现过ATG ACG TGT TTC
这四种组合的核甘酸，那就分析如果ATG出现在1号位置时，4号位置有没有也出现过，
有的话就代表有讯号，最後再把ATG、ACG、TGT、TTC这四张图叠加起来，
变成paper上看到的那张图?)
虽然其他地方照着我所理解的"意义"去解释我都可以看得懂，但如果不知道原理
好像会被老师电惨惨QQ
希望有板友能帮忙
谢谢!!
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc), 来自: 140.112.52.172
※ 文章网址: https://webptt.com/cn.aspx?n=bbs/Biotech/M.1539508182.A.ACC.html
1F：→ xxtomnyxx: 你怎麽会想选一篇你看不懂的 paper 报 seminar XDDD 10/14 17:22
我本来以为我看得懂T_T 看下去之後发现第一个技术看不懂 但我已经看下去了...
重点是这篇跟我研究有点关系，所以我也不想放弃他QAQ
2F：→ tynse71864: 勇於挑战人生 (？ 10/14 17:23
3F：→ xxtomnyxx: 这篇 paper 难就难在第一个技术，看懂了就通了。这个研 10/14 17:25
4F：→ xxtomnyxx: 就我很有兴趣，看我能不能在今晚把它看懂吧w 10/14 17:25
※ 编辑: kikko1805 (140.112.52.172), 10/14/2018 17:32:10
5F：→ Ianthegood: 哎呦我们系上发的耶XD 略读了一下 两个轴分别是NCAP- 10/15 05:42
6F：→ Ianthegood: 跟HT-selex 用TF做correlation? 10/15 05:42
7F：→ Ianthegood: library就是一堆3-mer的nucleotide 序列已知 10/15 05:43
8F：→ Ianthegood: sorry乱看 好好读了再回 10/15 05:49
===
9F：→ Ianthegood: 1b左边那个是把一条DNA拆成一堆3mer一字排开做成xy轴 10/15 06:23
10F：→ Ianthegood: 排出有相关的两个3mer 再把所有DNA的heatmap叠起来 10/15 06:24
===
这段还是有点不懂QQ
是指说我把所有某个TF定序到的ligand，拆成一堆3mer，然後计算这些3mer两两之间的相关性
(例如当ATG出现时，TCC有90%的机率会出现)
再把两种3mer放在MI图xy轴的library上，去计算这两种3mer在位置上的相关性...吗？
11F：→ Ianthegood: 所以左下到右上的对角就会是nucleosome必然的相关性线 10/15 06:26
12F：→ Ianthegood: 假设binding发生在1-6nt或是10-15nt, 就会在pos1-1 10/15 06:27
13F：→ Ianthegood: pos2-2跟pos1-4 pos2-5这样 10/15 06:27
14F：→ Ianthegood: 越往里面就是两个有相关的3mer隔越远 所以推论是TF 10/15 06:28
15F：→ Ianthegood: 右边是把左图次数最多的match抓出来, 因为nucleosome 10/15 06:33
16F：→ Ianthegood: 专一性很低会乱抓, 所以只要抓次数最高的就是专一性高 10/15 06:34
17F：→ Ianthegood: 就能把nucelsome的讯号filter掉 10/15 06:34
※ 编辑: kikko1805 (140.112.52.172), 10/15/2018 09:31:13
18F：推 asdfgpooh: X轴、Y轴的意思应该是把那段DNA分成3-mer一组，heatmap 10/15 12:20
19F：→ asdfgpooh: 显示的是不同组3-mer之间的相关性，用Enrichment-MI处 10/15 12:20
20F：→ asdfgpooh: 理之後，filter掉nucleosome的讯号 10/15 12:20
21F：→ Ianthegood: 每一条序列都拆成3mer的小片段 同时铺开成xy轴 所以xy 10/15 17:45
22F：→ Ianthegood: 轴基本上是一样的 10/15 17:45
23F：→ Ianthegood: 每个序列都有自己以所有TF跟nucleosome做成的一张heat 10/15 17:46
24F：→ Ianthegood: map 10/15 17:46
25F：→ Ianthegood: 把所有的heatmap叠起来 又是1b右边 10/15 17:46
26F：→ Ianthegood: heatmap的做法是 只要有任何TF或nucleosome同时抓到 10/15 17:51
27F：→ Ianthegood: 两段3mer 这个interaction就会在map上加深颜色 10/15 17:51
28F：推 GG810424: 你可以直接寄信问作者，通常都会愿意回，除非不是他做 10/17 02:46
29F：→ GG810424: 的。不愿意不是太忙就是极大可能他心里有鬼，又或是他 10/17 02:46
30F：→ GG810424: 表达的不够清楚，审理的人也看不懂就让他过了。 10/17 02:46
31F：→ Ianthegood: 他写的其实没有不清楚 只是在supp里面还用数学公式表 10/17 07:14
32F：→ Ianthegood: 示 而且他应该满忙的XD 10/17 07:14