作者blence ( )
看板Biotech
標題[閒聊] 以CRISPR/Cas9探討TFBS可調控基因表現
時間Mon Sep 3 09:59:37 2018
傳統上探討某基因的鄰近序列是否會調控該基因表現
最簡單的應該是操作reporter assay透過deletion/mutation觀察變化吧？
如果感興趣的序列與基因的距離超過某個範圍(例如>10kb)時
常常會是reporter的值(或差異)偏低也不好比較
就算有變化，也無法證明就是影響目標基因
而且要說服別人有這麼遠(>10kb)還能調控也不容易
目前看起來CRISPR/Cas9應該適合用在這方面的實驗
透過knock-out來證明一段很遠的TFBS motif會影響目標基因的變化
只是建立CRISPR/Cas9 clone遠比luciferase assay耗時間
不知道有人看過實際驗證類似這種遠端調控的距離，會有多遠？
或者還有其他方法可以驗證類似的基因調控存在，而不僅是3C的接觸
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1F：→ egoweaver: ZRS 距離目標 Shh 差不多有 1Mb，應該是研究最清楚的遠 09/14 06:59
2F：→ egoweaver: 距 enhancer 之一。動物實驗的 point mutation / knock 09/14 07:00
3F：→ egoweaver: out / xenosequence knock in 都有文章做過。 09/14 07:00
4F：→ blence: 1Mb....好遠阿 09/14 14:29