作者blence ( )
看板Biotech
标题[闲聊] 以CRISPR/Cas9探讨TFBS可调控基因表现
时间Mon Sep 3 09:59:37 2018
传统上探讨某基因的邻近序列是否会调控该基因表现
最简单的应该是操作reporter assay透过deletion/mutation观察变化吧？
如果感兴趣的序列与基因的距离超过某个范围(例如>10kb)时
常常会是reporter的值(或差异)偏低也不好比较
就算有变化，也无法证明就是影响目标基因
而且要说服别人有这麽远(>10kb)还能调控也不容易
目前看起来CRISPR/Cas9应该适合用在这方面的实验
透过knock-out来证明一段很远的TFBS motif会影响目标基因的变化
只是建立CRISPR/Cas9 clone远比luciferase assay耗时间
不知道有人看过实际验证类似这种远端调控的距离，会有多远？
或者还有其他方法可以验证类似的基因调控存在，而不仅是3C的接触
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1F：→ egoweaver: ZRS 距离目标 Shh 差不多有 1Mb，应该是研究最清楚的远 09/14 06:59
2F：→ egoweaver: 距 enhancer 之一。动物实验的 point mutation / knock 09/14 07:00
3F：→ egoweaver: out / xenosequence knock in 都有文章做过。 09/14 07:00
4F：→ blence: 1Mb....好远阿 09/14 14:29