Biotech 板


LINE

小弟目前正在使用Galaxy proteogenomics進行分析測試, 由於不確定Galaxy能夠input多大的data, 所以目標是在實驗室架設主機,將Galaxy tutorial的workflow複製到實驗室的server http://js-157-167.jetstream-cloud.org/ (需要註冊才能查看tutorial workflow) 將workflow所需要的tool全部都安裝完後, 發現大多數的tool在select a reference genome(annotation)全都顯示空白,如附圖所示 紅框中,Galaxy主機在各個tool的reference genome(annotation)中都有出現相關的索引 http://imgur.com/NoNNgFe http://imgur.com/RIgFN6f http://imgur.com/SWYyas8 綠框中,實驗室的主機在各個tool的reference genome(annotation)中都呈現空白 http://imgur.com/gahVZAX http://imgur.com/Ne5quYH http://imgur.com/KSxIpr4 接著參考這個教學,https://goo.gl/QCxU9e,用data manager來建立built-in genomes 可是按照教學先從UCSC/NCBI存在的資料庫import進去, 不管怎麼修改DBKey或accession number都是無限error http://imgur.com/jCHi0Xt 於是自己從UCSC下載hg38 fasta file,用new的方式import http://imgur.com/Tm54uhG 雖然成功了,但是workflow相關的tool(Bowtie2、BWA)卻依舊No options available http://imgur.com/YipCPjW http://imgur.com/44HRLNN 在只能用遠端連線而無法動主機在linux上輸入指令的情況下, 請問各位前輩還有什麼方法能解決嗎? 雖然裡面有說請直接聯繫Galaxy, 可是那個意思看起來比較像如果題目較冷門找不到reference genome可去聯繫, 不過我想要的reference genome只是很基本的human GRCh38(hg38)啊...謝謝大家~ --



※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 163.25.93.81
※ 文章網址: https://webptt.com/m.aspx?n=bbs/Biotech/M.1503379469.A.8E5.html keroromoa:轉錄至看板 BioMedInfo 08/22 13:25
1F:推 lingon: 有能力自己寫就不要浪費時間在自己架galaxy 上面 08/23 02:21
2F:推 lingon: 寧可花時間在docker, wdl, cwl 08/23 02:24
3F:推 lelojack: 我很早期使用Galaxy,不過依我經驗 dbkey用hg38是滿危險 08/25 11:00
4F:→ lelojack: 就像我們命名變數,不會用if/or/for 一樣 08/25 11:01







like.gif 您可能會有興趣的文章
icon.png[問題/行為] 貓晚上進房間會不會有憋尿問題
icon.pngRe: [閒聊] 選了錯誤的女孩成為魔法少女 XDDDDDDDDDD
icon.png[正妹] 瑞典 一張
icon.png[心得] EMS高領長版毛衣.墨小樓MC1002
icon.png[分享] 丹龍隔熱紙GE55+33+22
icon.png[問題] 清洗洗衣機
icon.png[尋物] 窗台下的空間
icon.png[閒聊] 双極の女神1 木魔爵
icon.png[售車] 新竹 1997 march 1297cc 白色 四門
icon.png[討論] 能從照片感受到攝影者心情嗎
icon.png[狂賀] 賀賀賀賀 賀!島村卯月!總選舉NO.1
icon.png[難過] 羨慕白皮膚的女生
icon.png閱讀文章
icon.png[黑特]
icon.png[問題] SBK S1安裝於安全帽位置
icon.png[分享] 舊woo100絕版開箱!!
icon.pngRe: [無言] 關於小包衛生紙
icon.png[開箱] E5-2683V3 RX480Strix 快睿C1 簡單測試
icon.png[心得] 蒼の海賊龍 地獄 執行者16PT
icon.png[售車] 1999年Virage iO 1.8EXi
icon.png[心得] 挑戰33 LV10 獅子座pt solo
icon.png[閒聊] 手把手教你不被桶之新手主購教學
icon.png[分享] Civic Type R 量產版官方照無預警流出
icon.png[售車] Golf 4 2.0 銀色 自排
icon.png[出售] Graco提籃汽座(有底座)2000元誠可議
icon.png[問題] 請問補牙材質掉了還能再補嗎?(台中半年內
icon.png[問題] 44th 單曲 生寫竟然都給重複的啊啊!
icon.png[心得] 華南紅卡/icash 核卡
icon.png[問題] 拔牙矯正這樣正常嗎
icon.png[贈送] 老莫高業 初業 102年版
icon.png[情報] 三大行動支付 本季掀戰火
icon.png[寶寶] 博客來Amos水蠟筆5/1特價五折
icon.pngRe: [心得] 新鮮人一些面試分享
icon.png[心得] 蒼の海賊龍 地獄 麒麟25PT
icon.pngRe: [閒聊] (君の名は。雷慎入) 君名二創漫畫翻譯
icon.pngRe: [閒聊] OGN中場影片:失蹤人口局 (英文字幕)
icon.png[問題] 台灣大哥大4G訊號差
icon.png[出售] [全國]全新千尋侘草LED燈, 水草

請輸入看板名稱,例如:WOW站內搜尋

TOP