作者keroromoa (夏天一到就凸显自己很鲁)
看板Biotech
标题[求救] 使用Galaxy无法input reference genome
时间Tue Aug 22 13:24:24 2017
小弟目前正在使用Galaxy proteogenomics进行分析测试,
由於不确定Galaxy能够input多大的data,
所以目标是在实验室架设主机,将Galaxy tutorial的workflow复制到实验室的server
http://js-157-167.jetstream-cloud.org/ (需要注册才能查看tutorial workflow)
将workflow所需要的tool全部都安装完後,
发现大多数的tool在select a reference genome(annotation)全都显示空白,如附图所示
红框中,Galaxy主机在各个tool的reference genome(annotation)中都有出现相关的索引
http://imgur.com/NoNNgFe
http://imgur.com/RIgFN6f
http://imgur.com/SWYyas8
绿框中,实验室的主机在各个tool的reference genome(annotation)中都呈现空白
http://imgur.com/gahVZAX
http://imgur.com/Ne5quYH
http://imgur.com/KSxIpr4
接着参考这个教学,
https://goo.gl/QCxU9e,用data manager来建立built-in genomes
可是按照教学先从UCSC/NCBI存在的资料库import进去,
不管怎麽修改DBKey或accession number都是无限error
http://imgur.com/jCHi0Xt
於是自己从UCSC下载hg38 fasta file,用new的方式import
http://imgur.com/Tm54uhG
虽然成功了,但是workflow相关的tool(Bowtie2、BWA)却依旧No options available
http://imgur.com/YipCPjW
http://imgur.com/44HRLNN
在只能用远端连线而无法动主机在linux上输入指令的情况下,
请问各位前辈还有什麽方法能解决吗?
虽然里面有说请直接联系Galaxy,
可是那个意思看起来比较像如果题目较冷门找不到reference genome可去联系,
不过我想要的reference genome只是很基本的human GRCh38(hg38)啊...谢谢大家~
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※ keroromoa:转录至看板 BioMedInfo 08/22 13:25
1F:推 lingon: 有能力自己写就不要浪费时间在自己架galaxy 上面 08/23 02:21
2F:推 lingon: 宁可花时间在docker, wdl, cwl 08/23 02:24
3F:推 lelojack: 我很早期使用Galaxy,不过依我经验 dbkey用hg38是满危险 08/25 11:00
4F:→ lelojack: 就像我们命名变数,不会用if/or/for 一样 08/25 11:01