※ 引述《Saber0217 (浜風 はまかぜ)》之銘言： : 謝謝大大的回覆 因為要回的東西有點多 所以就另外開一篇 : 首先我要道歉 關於我要做的protein分子量上次給錯了 : 因為PDB上面給總分子量100kDa : 但是那個檔案裏面包含兩個極度相似的目標protein(差在水分子和一些離子) : 以主要結構414胺基酸來看應該是40~50kDa : 該protein共有六個TM domain : active site坐落在靠膜外區的洞口底部 : 據我看過的paper 應該是有allosteric pathway effect : 過去文獻有一篇做5ns MD的結果就有顯示胞外包內區都有明顯結構變化 : 中間的active site附近區域則根據不同ligand有不同範圍和區域的肉眼可視變化 : 另外就是有人做我要block的目標和該protein結合的MD : 結果也是證明整個目標protein會有結構上的變化 : 老闆推薦說只做active site可以省時間 : 不過我自己心裡也挺懷疑的 : 因為我看題目相近的MD文獻都是做整個 : 這東西又有六個跨膜區 active site又剛好最接近這六條TM的最收束區 : 如果要只做活性區MD 看ligand和protein的interaction : 要說服人家接受這6TM相對位置不會因為其他部分位置改變而移動 : 感覺不太可能OTZ : 我目前的做法是 : Database>>LibDock>>CDOCKER>>ADMET&結構檢查(19候選取最佳3)>>MD檢查 : 我看有些paper是做完ADMET和結構檢查完的結果就通通MD(以我的例子是19個MD) : 不過我們實驗室可能是受限於設備和時間 過往都是挑最佳兩個去MD : MD的相關設定可能會參考其他同主題paper : 預計 water box是10Å : 至於模擬時間 老闆要求要20ns以上(上面那篇5ns被批的體無完膚XD) : 不過根據paper 多數候選ligand要60ns左右平衡(該篇做100ns) : 所以我也還在考慮到底要做多久的MD : 因為如果光算一個就要一兩個月<<我老闆說過去大概要這麼久?? : 就算我現在才碩一下 大概也只能做兩個最多三個就差不多該寫論文了XD : 如果大大還有什麼建議或是想知道那些其他條件 都歡迎留言 我也要開一篇繼續賺錢，開季JT打M17那場輸得我好慘 你看的那些paper寫的是對的，現在一般都是說50ns以後才平衡 而且現在電腦運算發展太快了 我看這兩年的paper，強一點的lab都算到200ns以上了 再過幾年真的會算到ms 20ns絕對不夠，我是reviewer絕對噴死你 結構改變一定會發生的，但是平衡態之前的結構變化沒有意義 比如說我算200ns，前面的50ns我是不會拿來分析的 如果是比較50ns~200ns的平均結構，也許不同的ligand binding看到的結構變化真的不大 但是不算不知道，我也不建議你去賭這一把 而且我真的覺得那些domain一定有影響 所以我們來點有建設性的 你有沒有考慮用implicit water model 會比較快，快很多很多很多，也許一個月可以算到100ns? 我不知道，你要試試看 另外還有一種方法叫做course grain，專門對付超大系統 但是我不建議用，因為你的系統實際上不算大，用了也是會被噴 認真講，設備不好與其花時間跑MD不如花錢跟別的實驗室合作 純化一下蛋白質，做個ITC之類的找gibbs free energy還可以發到比較好的期刊上 大概就這樣吧 以上是研究 以下是人生 如果你沒有堅持要發paper的話，根本就無所謂 可以畢業就好 老師要怎樣就怎樣，隨便他，發不發得出去那是他的事情 畢業之後海闊天空 做研究之餘不忘思考人生 --

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