※ 引述《Saber0217 (浜风 はまかぜ)》之铭言： : 谢谢大大的回覆 因为要回的东西有点多 所以就另外开一篇 : 首先我要道歉 关於我要做的protein分子量上次给错了 : 因为PDB上面给总分子量100kDa : 但是那个档案里面包含两个极度相似的目标protein(差在水分子和一些离子) : 以主要结构414胺基酸来看应该是40~50kDa : 该protein共有六个TM domain : active site坐落在靠膜外区的洞口底部 : 据我看过的paper 应该是有allosteric pathway effect : 过去文献有一篇做5ns MD的结果就有显示胞外包内区都有明显结构变化 : 中间的active site附近区域则根据不同ligand有不同范围和区域的肉眼可视变化 : 另外就是有人做我要block的目标和该protein结合的MD : 结果也是证明整个目标protein会有结构上的变化 : 老板推荐说只做active site可以省时间 : 不过我自己心里也挺怀疑的 : 因为我看题目相近的MD文献都是做整个 : 这东西又有六个跨膜区 active site又刚好最接近这六条TM的最收束区 : 如果要只做活性区MD 看ligand和protein的interaction : 要说服人家接受这6TM相对位置不会因为其他部分位置改变而移动 : 感觉不太可能OTZ : 我目前的做法是 : Database>>LibDock>>CDOCKER>>ADMET&结构检查(19候选取最佳3)>>MD检查 : 我看有些paper是做完ADMET和结构检查完的结果就通通MD(以我的例子是19个MD) : 不过我们实验室可能是受限於设备和时间 过往都是挑最佳两个去MD : MD的相关设定可能会参考其他同主题paper : 预计 water box是10Å : 至於模拟时间 老板要求要20ns以上(上面那篇5ns被批的体无完肤XD) : 不过根据paper 多数候选ligand要60ns左右平衡(该篇做100ns) : 所以我也还在考虑到底要做多久的MD : 因为如果光算一个就要一两个月<<我老板说过去大概要这麽久?? : 就算我现在才硕一下 大概也只能做两个最多三个就差不多该写论文了XD : 如果大大还有什麽建议或是想知道那些其他条件 都欢迎留言 我也要开一篇继续赚钱，开季JT打M17那场输得我好惨 你看的那些paper写的是对的，现在一般都是说50ns以後才平衡 而且现在电脑运算发展太快了 我看这两年的paper，强一点的lab都算到200ns以上了 再过几年真的会算到ms 20ns绝对不够，我是reviewer绝对喷死你 结构改变一定会发生的，但是平衡态之前的结构变化没有意义 比如说我算200ns，前面的50ns我是不会拿来分析的 如果是比较50ns~200ns的平均结构，也许不同的ligand binding看到的结构变化真的不大 但是不算不知道，我也不建议你去赌这一把 而且我真的觉得那些domain一定有影响 所以我们来点有建设性的 你有没有考虑用implicit water model 会比较快，快很多很多很多，也许一个月可以算到100ns? 我不知道，你要试试看 另外还有一种方法叫做course grain，专门对付超大系统 但是我不建议用，因为你的系统实际上不算大，用了也是会被喷 认真讲，设备不好与其花时间跑MD不如花钱跟别的实验室合作 纯化一下蛋白质，做个ITC之类的找gibbs free energy还可以发到比较好的期刊上 大概就这样吧 以上是研究 以下是人生 如果你没有坚持要发paper的话，根本就无所谓 可以毕业就好 老师要怎样就怎样，随便他，发不发得出去那是他的事情 毕业之後海阔天空 做研究之余不忘思考人生 --

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