作者fishg1216 (葉綠體)
看板Biotech
標題[求救] plasmid extraction quality膠圖判讀
時間Tue Aug 23 21:09:06 2016
之前做了好幾次plasmid extraction，
然後將沒經過限制酶剪切的plasmid去跑膠做quality check，
發現膠圖總會有3條band。
膠圖如連結:
http://goo.gl/wdfQv9
查了板上先前的舊文及估狗資料，
plasmid在跑膠會有circular single stranded、supercoiled、covalently bonded、
linear及nicked 5種form (條帶)。
但為甚麼每次做出來的膠圖只看到3個band? (Q1)
此三條band 由上至下是否分別代表nicked、linear及supercoiled (Q2)
此外為何沒有限制酶剪切的plasmid會有linear 及nicked form存在? (Q3)
另外，看網路上的plasmid膠圖
supercoiled form 與其他form 的距離很明顯都會拉很開，
但我跑出來的膠(1% agarose gel, 100 V, 400 mA, run 30 min)
第一條和第二條band距離相當接近 (plasmid大小約為3.4 Kb)
讓我相當困惑第一條band到底是不是supercoiled form? (Q4)
以上4個問題還請大加麻煩幫我開釋解惑一下!
如果認知上有錯也麻煩糾正，
謝謝!
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 61.216.40.23
※ 文章網址: https://webptt.com/m.aspx?n=bbs/Biotech/M.1471957752.A.CA2.html
1F：→ e104582001: 你要把膠圖拿出來吧，又不是每個人都能通靈 08/23 21:48
2F：推 tynse71864: 我有時候沒切就只有一條了囧 08/23 22:28
3F：→ tynse71864: 看不到不代表沒有 可能量太少 08/23 22:28
4F：推 jabari: ( -3-)y=~~~ 你pipette了嗎? 難怪三條... 08/24 05:57
5F：→ Ice9: 上圖 08/24 06:05
※ 編輯: fishg1216 (61.216.40.221), 08/24/2016 21:27:06
6F：推 jabari: load太多... 這marker是1k linear的嗎? 08/25 05:13
7F：→ jabari: 多跑一條supercoil marker看看? 08/25 05:13
8F：→ Ice9: Marker拿錯了？Samples 量太多，取個1/10再跑一遍，45 mins 08/25 07:33
9F：→ Ice9: 再來就是感覺膠體不只 1% 了。 08/25 07:39
10F：→ Ice9: 最下方那個有可能是single strand circular form。有可能是 08/25 07:56
11F：→ Ice9: 因為 sol'n I 加下去時處理不當導致。 08/25 08:00