作者erikwing (erikwing)
看板Biotech
標題[求救] NGS data的呈現方式?
時間Mon Jun 13 17:03:36 2016
實驗室最近交派一批NGS的data給我分析
目前已經是分析完畢
就差怎麼呈現出來了
像是gene differential, gene fusion 之類的
希望能推薦些應用NGS 的 paper來參考
謝謝大家的幫忙
ps.目前打算將significant top 10做成bar圖呈現
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.116.192.164
※ 文章網址: https://webptt.com/m.aspx?n=bbs/Biotech/M.1465808619.A.688.html
1F：推 lelojack: scatter, plot volcano plot, heat map,PCA, venny diag06/13 20:03
2F：→ lelojack: ram, boxplot06/13 20:03
3F：→ lelojack: 每張圖都有自己的含義 可以參考別的廠商是怎麼做的06/13 20:04
感謝lelo大的建議，剛剛試著做出一些圖，正在想辦法解釋
4F：→ blence: 請實驗是介紹paper比較好,不然你畫出一堆,看的人未必喜歡06/13 20:25
實驗室基本上除了我跟老師，也沒人在用NGS data了，然後我的老師也是第一次接觸NGS
，問老師也是叫我盡量分析…囧
※ 編輯: erikwing (140.116.192.164), 06/13/2016 21:26:41
5F：推 huuban: 找些paper來討論想看甚麼樣的囉06/13 23:11
6F：推 silverberry: 反過來說，你們想用 NGS data 講什麼故事?06/14 00:50
7F：→ silverberry: 如果能和大家說一下，大家比較好推薦~06/14 00:50
8F：推 Ianthegood: 看你想說什麼故事啊 同樣一份open data人家發過的都06/14 02:43
9F：→ Ianthegood: 可以重新分析再發一篇了06/14 02:44
目前是打算把NGS當作是個連結:
已知物種A的機制
利用B物種的NGS data找跟A的相關連
然後再就B的機制再繼續進一步研究
不知道這樣說會不會太模糊?
麻煩大家了 謝謝
※ 編輯: erikwing (140.116.192.164), 06/14/2016 11:12:48
10F：→ blence: 雖然可猜出來,但是WGS,WES,RNAseq,還是ChIPseq,這算基本吧06/14 12:13
啊啊～抱歉忘了說
是RNA-seq
※ 編輯: erikwing (140.116.25.140), 06/14/2016 13:57:42
11F：推 silverberry: 還是猜不太出來 Orz 假設 1.貴實驗室已有後續 B 機制 06/14 22:26
12F：→ silverberry: 的研究成果 2. RNAseq 數據剛好有 3. paper 目標是 06/14 22:27
13F：→ silverberry: 該領域而非著重於 NGS 06/14 22:27
14F：→ silverberry: 圖1-B1/B2 -> scatter plot -> DEG cutoff -> mark 06/14 22:28
15F：→ silverberry: 出 A 機制裡的 genes 06/14 22:29
16F：→ silverberry: 圖2-DEG list -> GO -> GO::A 機制 venny diagram -> 06/14 22:29
17F：→ silverberry: key genes box plot 06/14 22:29
18F：→ silverberry: 接著就可以進一步是 qPCR 等等等的故事了 06/14 22:30
19F：→ silverberry: 當然如果 GO 裡找到其他 A 機制裡可能有關的調控 06/14 22:30
20F：→ silverberry: 順序也可以反過來。 06/14 22:31
21F：→ blence: 原po寫的太少了,看不出這是可配對的B1/B2,還是一群B1~Bn 06/14 22:39
22F：推 jabari: PCA先看看 圈不出差異就甭作下去了 06/15 05:41
23F：推 silverberry: 對啊，同意樓上們。coverage 夠不夠? depth 如何? 06/15 09:01
24F：→ silverberry: 如果 data quality GG 也不用玩了~ 06/15 09:02