作者erikwing (erikwing)
看板Biotech
标题[求救] NGS data的呈现方式?
时间Mon Jun 13 17:03:36 2016
实验室最近交派一批NGS的data给我分析
目前已经是分析完毕
就差怎麽呈现出来了
像是gene differential, gene fusion 之类的
希望能推荐些应用NGS 的 paper来参考
谢谢大家的帮忙
ps.目前打算将significant top 10做成bar图呈现
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1F：推 lelojack: scatter, plot volcano plot, heat map,PCA, venny diag06/13 20:03
2F：→ lelojack: ram, boxplot06/13 20:03
3F：→ lelojack: 每张图都有自己的含义 可以参考别的厂商是怎麽做的06/13 20:04
感谢lelo大的建议，刚刚试着做出一些图，正在想办法解释
4F：→ blence: 请实验是介绍paper比较好,不然你画出一堆,看的人未必喜欢06/13 20:25
实验室基本上除了我跟老师，也没人在用NGS data了，然後我的老师也是第一次接触NGS
，问老师也是叫我尽量分析…囧
※ 编辑: erikwing (140.116.192.164), 06/13/2016 21:26:41
5F：推 huuban: 找些paper来讨论想看甚麽样的罗06/13 23:11
6F：推 silverberry: 反过来说，你们想用 NGS data 讲什麽故事?06/14 00:50
7F：→ silverberry: 如果能和大家说一下，大家比较好推荐~06/14 00:50
8F：推 Ianthegood: 看你想说什麽故事啊 同样一份open data人家发过的都06/14 02:43
9F：→ Ianthegood: 可以重新分析再发一篇了06/14 02:44
目前是打算把NGS当作是个连结:
已知物种A的机制
利用B物种的NGS data找跟A的相关连
然後再就B的机制再继续进一步研究
不知道这样说会不会太模糊?
麻烦大家了 谢谢
※ 编辑: erikwing (140.116.192.164), 06/14/2016 11:12:48
10F：→ blence: 虽然可猜出来,但是WGS,WES,RNAseq,还是ChIPseq,这算基本吧06/14 12:13
啊啊～抱歉忘了说
是RNA-seq
※ 编辑: erikwing (140.116.25.140), 06/14/2016 13:57:42
11F：推 silverberry: 还是猜不太出来 Orz 假设 1.贵实验室已有後续 B 机制 06/14 22:26
12F：→ silverberry: 的研究成果 2. RNAseq 数据刚好有 3. paper 目标是 06/14 22:27
13F：→ silverberry: 该领域而非着重於 NGS 06/14 22:27
14F：→ silverberry: 图1-B1/B2 -> scatter plot -> DEG cutoff -> mark 06/14 22:28
15F：→ silverberry: 出 A 机制里的 genes 06/14 22:29
16F：→ silverberry: 图2-DEG list -> GO -> GO::A 机制 venny diagram -> 06/14 22:29
17F：→ silverberry: key genes box plot 06/14 22:29
18F：→ silverberry: 接着就可以进一步是 qPCR 等等等的故事了 06/14 22:30
19F：→ silverberry: 当然如果 GO 里找到其他 A 机制里可能有关的调控 06/14 22:30
20F：→ silverberry: 顺序也可以反过来。 06/14 22:31
21F：→ blence: 原po写的太少了,看不出这是可配对的B1/B2,还是一群B1~Bn 06/14 22:39
22F：推 jabari: PCA先看看 圈不出差异就甭作下去了 06/15 05:41
23F：推 silverberry: 对啊，同意楼上们。coverage 够不够? depth 如何? 06/15 09:01
24F：→ silverberry: 如果 data quality GG 也不用玩了~ 06/15 09:02