作者lelojack (莉羅夾克)
看板Biotech
標題Re: [求救] 請教基因knockdown後影響的相關基因網站
時間Sun Mar 20 21:00:19 2016
※ 引述《aaaazzzz (找英文家教)》之銘言：
: 各位好，
: 想請教一下有無網站或者相關的microarray data查詢方式，
: 舉例來說，
: 如果想研究EGFR(epidermal growth factor receptor)，
: 把這個基因knockdown之後，
: 會造成哪些基因改變？
: 先前曾看過期刊列出microarray data，
: 列出一大堆基因改變的倍數(當然，還需要後續驗證)，
: 不曉得有沒有這樣的網站，
: 輸入基因knockdown之後，
: 就會找到對於其他基因的改變(排列由大到小)？
: 或者，各位都是如何去找到期刊microarray的data，
: 來找出基因的相關性？
: 謝謝！
分享我以前搜尋GEO data set的經驗
原po想做的事情跟我以前想做的類似
我當時是蒐集乳癌病人的array找出跟臨床有關係的biomarker
光是蒐集就是個難題
同時要有array資訊也要有臨床資訊
我是採:GEO 資料庫
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/browse/ 用關鍵字搜尋
原po的關鍵字還不錯 只有3筆，但是運氣也不好:最大的一筆資料只有八個樣本
n=8 ....大概很難作統計吧
http://imgur.com/g07wG2h
GEO資料庫都有算表達量的結果[關鍵字Series Matrix File(s)]
對生物人是方便的
接下來就是瞭解材料內容，就靠看論文
1.細胞種類 2.組織 3.臨床特性 4.treatment等等
我碩論光蒐集資料就花了一年，請不要小看查論文的過程
我曾經看過有資料庫紀載某種cell line的表達量
但是要有treatment後的表達的資料庫，這種資料庫大概不存在吧
我猜最接近的大概是encode計畫吧?
加油吧，我個人覺得沒有簡單的方式，只能靠自己算
PS 發表這三筆資料的剛好是台灣人洪明奇教授@MD Anderson，滿有意思的
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※ 編輯: lelojack (122.146.54.185), 03/20/2016 21:06:39
1F：→ blence: 目前EMBL-arrayexpress,oncomine應該會有你要的那些 03/20 21:58
2F：→ blence: 不過query感覺比NCBI GEOprofile較多一些方法 03/20 22:00
3F：→ blence: 基因表現與臨床info方面,有TCGA與METABRIC等大樣本可用 03/20 22:03
4F：→ blence: 原po的部分,他是要看treatment(kd)的,N大小不重要吧 03/20 22:12
5F：→ blence: 如果要介意N,就不需討論kd,直接以N討論EGFR與gene的r就好 03/20 22:16
6F：→ lail: 記得洪教授就是提出「EGFR會入核」理論的人啊，他研究EGFR蠻 03/20 22:43
7F：→ lail: 多的吧 03/20 22:43
8F：→ lelojack: 有p value可以篩選，做驗證的人很開心 03/21 00:17
9F：推 aaaazzzz: 謝謝喔，可是我從GEO datasets搜尋EGFR knockdown得到 03/21 23:16
10F：→ aaaazzzz: 40筆資料,如果從GEO profiles則得到367筆資料 03/21 23:17
11F：推 aaaazzzz: 附帶問樓上B大，TCGA的資料庫如何使用，曾經看過網路說 03/21 23:21
12F：→ aaaazzzz: 明，但還是一知半解，不曉得如何使用，何處可學到使用的 03/21 23:22
13F：→ aaaazzzz: 方法呢？(曾注意過陽明大學楊教授論文曾用TCGA資料庫) 03/21 23:22
14F：→ aaaazzzz: 回應樓上L大，洪教授確實做過一系列EGFR進入細胞核的研 03/21 23:23
15F：→ aaaazzzz: 究,但令我覺得百思不解的是他在review文章提到EGFR入核 03/21 23:24
16F：→ aaaazzzz: 比例低於10%,但ICC與western data卻如此顯著，不曉得有 03/21 23:25
17F：→ aaaazzzz: 無特別的妙方？ 03/21 23:25
18F：→ lelojack: 有人能從TCGA撈出原始數據嗎？ 我只能找到正規化後的 03/21 23:49
19F：→ lelojack: 檔案欸?! 03/21 23:49
20F：→ blence: 哪一種? level 1嗎？ 那要有帳密而且得捐款贊助一下 03/22 01:34
21F：→ blence: aaaazzzz如果只是要查看而不需自己整理data可試cbioportal 03/22 01:47
22F：→ blence: 即可,它們把TCGA弄的更有善使用,等到無法滿足需求再去TCGA 03/22 01:49
23F：→ sunorange: 現在kegg更好用 ！！！ 03/23 00:38
24F：推 aaaazzzz: 我有聽到交大博士生有從TCGA網站擷取資料，設計程式 03/23 22:00
26F：→ aaaazzzz: 不過還是不清楚如何使用 03/23 22:01
27F：推 aaaazzzz: 謝謝b大提供cbioportal,我再摸索一下 03/23 22:05
28F：→ aaaazzzz: 謝謝s大提到KEGG,突然想到研究所老師課堂有介紹過 03/23 22:06
29F：→ sunorange: TCGA 我們正在用，也很好用 03/24 11:52
30F：推 aaaazzzz: 請問TCGA需要付費嗎？可得知基因對照病人的預後嗎？ 03/25 17:34
31F：→ blence: 把RNAseqV2跟clinical下載後繪KM plot 03/25 20:55
32F：→ lelojack: 做高通量分析的人真多 突然有溫暖的感覺XD 03/26 00:51