作者lelojack (莉罗夹克)
看板Biotech
标题Re: [求救] 请教基因knockdown後影响的相关基因网站
时间Sun Mar 20 21:00:19 2016
※ 引述《aaaazzzz (找英文家教)》之铭言：
: 各位好，
: 想请教一下有无网站或者相关的microarray data查询方式，
: 举例来说，
: 如果想研究EGFR(epidermal growth factor receptor)，
: 把这个基因knockdown之後，
: 会造成哪些基因改变？
: 先前曾看过期刊列出microarray data，
: 列出一大堆基因改变的倍数(当然，还需要後续验证)，
: 不晓得有没有这样的网站，
: 输入基因knockdown之後，
: 就会找到对於其他基因的改变(排列由大到小)？
: 或者，各位都是如何去找到期刊microarray的data，
: 来找出基因的相关性？
: 谢谢！
分享我以前搜寻GEO data set的经验
原po想做的事情跟我以前想做的类似
我当时是蒐集乳癌病人的array找出跟临床有关系的biomarker
光是蒐集就是个难题
同时要有array资讯也要有临床资讯
我是采:GEO 资料库
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/browse/ 用关键字搜寻
原po的关键字还不错 只有3笔，但是运气也不好:最大的一笔资料只有八个样本
n=8 ....大概很难作统计吧
http://imgur.com/g07wG2h
GEO资料库都有算表达量的结果[关键字Series Matrix File(s)]
对生物人是方便的
接下来就是了解材料内容，就靠看论文
1.细胞种类 2.组织 3.临床特性 4.treatment等等
我硕论光蒐集资料就花了一年，请不要小看查论文的过程
我曾经看过有资料库纪载某种cell line的表达量
但是要有treatment後的表达的资料库，这种资料库大概不存在吧
我猜最接近的大概是encode计画吧?
加油吧，我个人觉得没有简单的方式，只能靠自己算
PS 发表这三笔资料的刚好是台湾人洪明奇教授@MD Anderson，满有意思的
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※ 编辑: lelojack (122.146.54.185), 03/20/2016 21:06:39
1F：→ blence: 目前EMBL-arrayexpress,oncomine应该会有你要的那些 03/20 21:58
2F：→ blence: 不过query感觉比NCBI GEOprofile较多一些方法 03/20 22:00
3F：→ blence: 基因表现与临床info方面,有TCGA与METABRIC等大样本可用 03/20 22:03
4F：→ blence: 原po的部分,他是要看treatment(kd)的,N大小不重要吧 03/20 22:12
5F：→ blence: 如果要介意N,就不需讨论kd,直接以N讨论EGFR与gene的r就好 03/20 22:16
6F：→ lail: 记得洪教授就是提出「EGFR会入核」理论的人啊，他研究EGFR蛮 03/20 22:43
7F：→ lail: 多的吧 03/20 22:43
8F：→ lelojack: 有p value可以筛选，做验证的人很开心 03/21 00:17
9F：推 aaaazzzz: 谢谢喔，可是我从GEO datasets搜寻EGFR knockdown得到 03/21 23:16
10F：→ aaaazzzz: 40笔资料,如果从GEO profiles则得到367笔资料 03/21 23:17
11F：推 aaaazzzz: 附带问楼上B大，TCGA的资料库如何使用，曾经看过网路说 03/21 23:21
12F：→ aaaazzzz: 明，但还是一知半解，不晓得如何使用，何处可学到使用的 03/21 23:22
13F：→ aaaazzzz: 方法呢？(曾注意过阳明大学杨教授论文曾用TCGA资料库) 03/21 23:22
14F：→ aaaazzzz: 回应楼上L大，洪教授确实做过一系列EGFR进入细胞核的研 03/21 23:23
15F：→ aaaazzzz: 究,但令我觉得百思不解的是他在review文章提到EGFR入核 03/21 23:24
16F：→ aaaazzzz: 比例低於10%,但ICC与western data却如此显着，不晓得有 03/21 23:25
17F：→ aaaazzzz: 无特别的妙方？ 03/21 23:25
18F：→ lelojack: 有人能从TCGA捞出原始数据吗？ 我只能找到正规化後的 03/21 23:49
19F：→ lelojack: 档案欸?! 03/21 23:49
20F：→ blence: 哪一种? level 1吗？ 那要有帐密而且得捐款赞助一下 03/22 01:34
21F：→ blence: aaaazzzz如果只是要查看而不需自己整理data可试cbioportal 03/22 01:47
22F：→ blence: 即可,它们把TCGA弄的更有善使用,等到无法满足需求再去TCGA 03/22 01:49
23F：→ sunorange: 现在kegg更好用 ！！！ 03/23 00:38
24F：推 aaaazzzz: 我有听到交大博士生有从TCGA网站撷取资料，设计程式 03/23 22:00
26F：→ aaaazzzz: 不过还是不清楚如何使用 03/23 22:01
27F：推 aaaazzzz: 谢谢b大提供cbioportal,我再摸索一下 03/23 22:05
28F：→ aaaazzzz: 谢谢s大提到KEGG,突然想到研究所老师课堂有介绍过 03/23 22:06
29F：→ sunorange: TCGA 我们正在用，也很好用 03/24 11:52
30F：推 aaaazzzz: 请问TCGA需要付费吗？可得知基因对照病人的预後吗？ 03/25 17:34
31F：→ blence: 把RNAseqV2跟clinical下载後绘KM plot 03/25 20:55
32F：→ lelojack: 做高通量分析的人真多 突然有温暖的感觉XD 03/26 00:51