作者hibestnick (Nick尼克)
看板Biotech
標題[求救] 如何篩選 transmembrane protein ？
時間Wed Aug 12 10:36:16 2015
各位好，這個暑假進生化實驗室實習，
由於本身是讀化學的，生物方面的資訊不太清楚。
今天我要分析從細胞膜上萃取出的蛋白質體，
質譜分析完畢之後，使用Proteome Discoverer這個軟體，
把ID到的917個蛋白質之列表輸出。
結果如下：
https://goo.gl/bYyd9z
我用gominer.jar這個軟體可以知道，
哪一些蛋白質是屬於membrane protein，
但我現在想要知道，哪一些是屬於transmembrane protein，
這個軟體就無法告訴我了。
所以我想請問有沒有軟體可以篩選出transmembrane protein，
google了很久，不是找不到，就是看不懂如何使用
（有些要特定檔案格式？ 反正我丟進去都沒成功）
如果可以，除了給我關鍵字之外，是否也可以教學一下
謝謝你看完這篇文章
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※ 編輯: hibestnick (140.109.53.131), 08/12/2015 10:37:27
3F：→ liuse: 所以你要的應該是屬於"integral component of membrane" 08/13 19:08
4F：→ liuse: 也就是GO-term "GO:0016021" 08/13 19:09
5F：→ liuse: 然後你就可以用任何抓GO-term的軟體來看你的list就好 08/13 19:09
6F：→ liuse: e.g. 剛剛隨便用了一個線上網站 08/13 19:11
8F：→ liuse: 貼你的gene list找到455個gene具有該GO-term 08/13 19:11
9F：→ liuse: DAVID也可用 但它網站常當就是 08/13 19:12