作者hibestnick (Nick尼克)
看板Biotech
标题[求救] 如何筛选 transmembrane protein ？
时间Wed Aug 12 10:36:16 2015
各位好，这个暑假进生化实验室实习，
由於本身是读化学的，生物方面的资讯不太清楚。
今天我要分析从细胞膜上萃取出的蛋白质体，
质谱分析完毕之後，使用Proteome Discoverer这个软体，
把ID到的917个蛋白质之列表输出。
结果如下：
https://goo.gl/bYyd9z
我用gominer.jar这个软体可以知道，
哪一些蛋白质是属於membrane protein，
但我现在想要知道，哪一些是属於transmembrane protein，
这个软体就无法告诉我了。
所以我想请问有没有软体可以筛选出transmembrane protein，
google了很久，不是找不到，就是看不懂如何使用
（有些要特定档案格式？ 反正我丢进去都没成功）
如果可以，除了给我关键字之外，是否也可以教学一下
谢谢你看完这篇文章
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※ 编辑: hibestnick (140.109.53.131), 08/12/2015 10:37:27
3F：→ liuse: 所以你要的应该是属於"integral component of membrane" 08/13 19:08
4F：→ liuse: 也就是GO-term "GO:0016021" 08/13 19:09
5F：→ liuse: 然後你就可以用任何抓GO-term的软体来看你的list就好 08/13 19:09
6F：→ liuse: e.g. 刚刚随便用了一个线上网站 08/13 19:11
8F：→ liuse: 贴你的gene list找到455个gene具有该GO-term 08/13 19:11
9F：→ liuse: DAVID也可用 但它网站常当就是 08/13 19:12