作者stevekevin10 (hippo泡)
看板Biotech
標題[討論] CDNA上生物標記
時間Thu Jul 9 17:26:59 2015
在查資料時
發現生物標記大多在dna上做
為何不在cdna上做呢?
有沒有相關的文章或是討論可看看
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 36.224.116.20
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1F：→ blence: 細胞內有cDNA可以做生物標記嗎07/09 18:31
2F：→ stevekevin10: 是沒有 不過萃取出CDNA再來找其上的功能或疾病類片07/09 19:16
3F：→ stevekevin10: 段標記沒有意義嗎?07/09 19:16
4F：→ blence: 若細胞內沒有cDNA,何來萃取出cDNA呢?07/09 19:22
5F：推 vetvet: 如果是要找疾病相關的基因片段，用NGS就好了！效率快07/09 20:44
6F：→ vetvet: 很多，說不定還比較省錢07/09 20:44
7F：→ stevekevin10: 呃 mRNA自己轉? 還是我搞錯cDNA 不是不含intron的07/09 20:45
8F：→ stevekevin10: 轉錄體嗎..抱歉我對這沒有很熟07/09 20:45
9F：推 mesenchymal: 應該說憑你的目的來決定方法07/09 22:44
10F：→ a90648: 轉cDNA需要的anzyme你確定一般細胞有?!07/09 22:58
11F：→ stevekevin10: 恩...所以沒有用處嗎..? 因為實驗想做這個 可是不確07/09 23:13
12F：→ stevekevin10: 定在cdna上找到底有沒有用處所以上來問問看07/09 23:13
13F：→ ljii: ....你要不要先講清楚你打算怎麼作 病人檢體去分析?那是沒07/10 07:38
14F：→ ljii: 有"天然"CDNA的, 你可以抽total RNA後作microarray那就是07/10 07:39
15F：→ ljii: 你所謂的cDNA分析, 不過這年頭RNA-seq更夯07/10 07:39
我不清楚 找到後可以幹嘛..
我的狀況是 本身實驗室在研究找生物標記的方法 (資工) 可是有些品種只有轉錄體的資
料庫 因此在想在轉錄體上找是否有意義..
16F：→ Ice9: mRNA 才是細胞內不含 intron 的轉錄體。07/10 08:00
抱歉 我後來去查清楚 用懂了 謝提醒
17F：→ Ianthegood: 為什麼要在mRNA上做呢 意義是什麼07/10 13:50
不知道..所以想來問問看有沒有意義或是為什麼無意義:(
※ 編輯: stevekevin10 (36.224.116.20), 07/10/2015 16:54:12
18F：→ blence: 我覺得一開始問題沒說清楚也沒用對關鍵字,回答只能用猜的 07/10 17:07
19F：→ blence: 你的"轉錄體"可能是exome或cds之類的序列,但都還是在講DNA 07/10 17:11
您是指 我指的轉錄體資料庫嗎
※ 編輯: stevekevin10 (36.224.116.20), 07/10/2015 17:12:11
20F：→ Ice9: 你可能需要面對面地和生物人談論一下。另外，選 DNA 而不選 07/12 07:10
21F：→ Ice9: 其他生物體內的轉錄資訊，一來可能是因為轉錄資訊的多型性， 07/12 07:11
22F：→ Ice9: 二是轉錄體本身"半哀期"短而量又經常變化，三是樣品穩定度 07/12 07:13
23F：→ supray: 如果是SNP或indel當生物標記,在DNA上不會遇到表現問題 07/12 09:10
24F：→ supray: 你要看的沒表現的話,用RNA或cDNA就看不到了 07/12 09:11
25F：→ supray: 如果是特異性表現的基因當作生物標記,如癌症相關的生長 07/12 09:13
26F：→ supray: 因子,那用cDNA做看表現量,或用蛋白質做都有 07/12 09:14