作者bcher (阿手)
看板Biotech
標題[討論] Lentiviral over-expression titer 問題
時間Thu Jan 23 22:09:26 2014
實驗室一直以來都使用 RNAi core 的pAS3W vector ,
但是常常做出來的cDNA over-expression lentivirus的 titer都很差,
相較於做shRNA knockdown的lentivirus, titer會降低超過十倍以上。
(有看過之前的討論串說 pAS3W 生產出來的 virus titer 好像效果不佳)
想請問各位前輩會有 做cDNA over expression的lentivirus, 但titer很差的問題嗎?
另外,
想再請問各位板上的前輩 習慣使用哪種over-expression vector來生產lentivirus
且效果(titer)又不錯的?
感謝各位的經驗分享與指教, 謝謝大家。
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◆ From: 140.109.55.238
※ 編輯: bcher 來自: 140.109.55.238 (01/23 22:12)
※ 編輯: bcher 來自: 140.109.55.238 (01/23 22:13)
1F：→ blence:AS的RNAi core說:不要拿shRNA跟cDNA的比較啦 01/24 00:21
2F：→ blence:我用pLKO-shRNA跟pLX301-cDNA做的，也是差很大 01/24 00:23
3F：→ williamyang:因為你塞進去的cDNA跟shRNA的size差很多 01/24 04:16
4F：→ williamyang:而vector的大小會影響lentiviral package的效率 01/24 04:17
5F：推 HEK293:open biosystems的pCDH，或是流通已久的pHR or pHR'都不差 01/24 11:15
回應各位前輩: 是的是的, 我們似乎也是有 cDNA長度與titer成反比 的現象,
塞進去的cDNA越長(約1500bps 或2000bps以上), titer就超級低
但如果cDNA長度大約在1000bps以下,甚至是500~600bps之間,
生產出來的virus titer就好很多。
如果各位前輩有 推薦 或 曾經使用過的 lentiviral over-expression vector
且 塞進1500bps至2000bps左右的cDNA後, virus titer 都還不錯的話,
我都願意盡力去買來試看看。
※ 編輯: bcher 來自: 140.109.55.238 (01/24 15:12)
6F：→ williamyang:不然就是用濃縮法,高速離心或是市售的column 01/24 23:48
7F：→ roy047:NaCl/PEG 高速離心沉澱濃縮+1 01/25 00:06
8F：推 chaunen:借問一下, PEG濃縮完的病毒可以用來感染primary neuron嗎? 01/27 20:38
9F：→ chaunen:以及 是否可以用在in vivo呢? (把virus打進鼠腦) 01/27 20:39
10F：→ chaunen:另外, 超高速離心 sw28 rotor 的tube 344058 不能封口 01/27 20:40
11F：→ chaunen:要如何確保不會汙染呢? 可以封滅過菌的parafilm嗎? 01/27 20:42
12F：→ chaunen:tube本身可以滅菌嗎? 01/27 20:42
13F：→ chaunen:抱歉, 問題很多XDD 可是我google不到答案.... 01/27 20:43
14F：推 chaunen:先謝謝大家了 新年快樂~~ 01/27 20:45
15F：推 HEK293:1.可 2.可 3.344058是軟管，不建議reuse，355642硬管可滅 01/28 09:21
16F：→ HEK293:4.轉的時候不能封，回溶時可封 5.硬管可滅但須注意是否破損 01/28 09:23
17F：→ HEK293:至於保持無菌，只能多用點酒精擦sw28的蓋子。我校是公用so 01/28 09:24
18F：推 chaunen:感謝HEK293大大解答~ 01/28 14:43