作者bcher (阿手)
看板Biotech
标题[讨论] Lentiviral over-expression titer 问题
时间Thu Jan 23 22:09:26 2014
实验室一直以来都使用 RNAi core 的pAS3W vector ,
但是常常做出来的cDNA over-expression lentivirus的 titer都很差,
相较於做shRNA knockdown的lentivirus, titer会降低超过十倍以上。
(有看过之前的讨论串说 pAS3W 生产出来的 virus titer 好像效果不佳)
想请问各位前辈会有 做cDNA over expression的lentivirus, 但titer很差的问题吗?
另外,
想再请问各位板上的前辈 习惯使用哪种over-expression vector来生产lentivirus
且效果(titer)又不错的?
感谢各位的经验分享与指教, 谢谢大家。
--
※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.55.238
※ 编辑: bcher 来自: 140.109.55.238 (01/23 22:12)
※ 编辑: bcher 来自: 140.109.55.238 (01/23 22:13)
1F：→ blence:AS的RNAi core说:不要拿shRNA跟cDNA的比较啦 01/24 00:21
2F：→ blence:我用pLKO-shRNA跟pLX301-cDNA做的，也是差很大 01/24 00:23
3F：→ williamyang:因为你塞进去的cDNA跟shRNA的size差很多 01/24 04:16
4F：→ williamyang:而vector的大小会影响lentiviral package的效率 01/24 04:17
5F：推 HEK293:open biosystems的pCDH，或是流通已久的pHR or pHR'都不差 01/24 11:15
回应各位前辈: 是的是的, 我们似乎也是有 cDNA长度与titer成反比 的现象,
塞进去的cDNA越长(约1500bps 或2000bps以上), titer就超级低
但如果cDNA长度大约在1000bps以下,甚至是500~600bps之间,
生产出来的virus titer就好很多。
如果各位前辈有 推荐 或 曾经使用过的 lentiviral over-expression vector
且 塞进1500bps至2000bps左右的cDNA後, virus titer 都还不错的话,
我都愿意尽力去买来试看看。
※ 编辑: bcher 来自: 140.109.55.238 (01/24 15:12)
6F：→ williamyang:不然就是用浓缩法,高速离心或是市售的column 01/24 23:48
7F：→ roy047:NaCl/PEG 高速离心沉淀浓缩+1 01/25 00:06
8F：推 chaunen:借问一下, PEG浓缩完的病毒可以用来感染primary neuron吗? 01/27 20:38
9F：→ chaunen:以及 是否可以用在in vivo呢? (把virus打进鼠脑) 01/27 20:39
10F：→ chaunen:另外, 超高速离心 sw28 rotor 的tube 344058 不能封口 01/27 20:40
11F：→ chaunen:要如何确保不会污染呢? 可以封灭过菌的parafilm吗? 01/27 20:42
12F：→ chaunen:tube本身可以灭菌吗? 01/27 20:42
13F：→ chaunen:抱歉, 问题很多XDD 可是我google不到答案.... 01/27 20:43
14F：推 chaunen:先谢谢大家了 新年快乐~~ 01/27 20:45
15F：推 HEK293:1.可 2.可 3.344058是软管，不建议reuse，355642硬管可灭 01/28 09:21
16F：→ HEK293:4.转的时候不能封，回溶时可封 5.硬管可灭但须注意是否破损 01/28 09:23
17F：→ HEK293:至於保持无菌，只能多用点酒精擦sw28的盖子。我校是公用so 01/28 09:24
18F：推 chaunen:感谢HEK293大大解答~ 01/28 14:43