作者Airplane33 ()
看板Biotech
標題[求救] 想請問設計Primer吊開花基因
時間Fri Aug 16 05:45:31 2013
實驗上，簡單的說我們在探討果實跟開花之間的影響，想知道果實什麽時候會對開花
的過程造成影響。因此主要是選定一些開花基因來觀察其表現量，像是 FLC、SOC1、
AP1、AP3、AG、LFY、FT、PI 這些基因。然後用qPCR的方式看 gene expression。
問題在於我現在做的橄欖在這些基因上沒有什麽資訊可以參考，沒有完整的相關序列。
同實驗室在做的其他樹種像是橘子就有比較完整的 database 可以找。想請問有什麽方法
可以比較精準地在橄欖上面也找到這些基因序列然後可以用來設計qPCR的 primer。
之前有先想到說用其他樹種的這些基因做做看一般的PCR，然後有產物的話，
再去做定序，不過一開始做的結果效果不是那麼理想。
想請問有沒有其他方式可以找到這些基因， 謝謝。 ^__^
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 138.23.178.187
1F：→ milkpa:擲筊。阿就沒有基因庫要去哪找，先用各物種都相近的序列做 08/16 09:31
2F：→ milkpa:吧，類似基因functional domain應該也相近 08/16 09:32
3F：→ storm780121:從相近物種找conserved region設計degenerate primer 08/16 15:58
4F：→ storm780121:定序確定正確後再設計realtime用的primer 08/16 15:58
5F：→ storm780121:通常degenerate primer專一性不是很好 所以我會搭配 08/16 16:01
6F：→ storm780121:touch down PCR 有時候會好一些 08/16 16:02
7F：→ storm780121:就像一樓說的擲筊 多設計幾個primer交叉測試 加油 08/16 16:04
8F：推 batatas:作subtractive hybridization 和RACE-PCR 再去blast 08/19 00:00
9F：→ batatas:看有沒有相近的基因 08/19 00:00