作者Airplane33 ()
看板Biotech
标题[求救] 想请问设计Primer吊开花基因
时间Fri Aug 16 05:45:31 2013
实验上，简单的说我们在探讨果实跟开花之间的影响，想知道果实什麽时候会对开花
的过程造成影响。因此主要是选定一些开花基因来观察其表现量，像是 FLC、SOC1、
AP1、AP3、AG、LFY、FT、PI 这些基因。然後用qPCR的方式看 gene expression。
问题在於我现在做的橄榄在这些基因上没有什麽资讯可以参考，没有完整的相关序列。
同实验室在做的其他树种像是橘子就有比较完整的 database 可以找。想请问有什麽方法
可以比较精准地在橄榄上面也找到这些基因序列然後可以用来设计qPCR的 primer。
之前有先想到说用其他树种的这些基因做做看一般的PCR，然後有产物的话，
再去做定序，不过一开始做的结果效果不是那麽理想。
想请问有没有其他方式可以找到这些基因， 谢谢。 ^__^
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 138.23.178.187
1F：→ milkpa:掷筊。阿就没有基因库要去哪找，先用各物种都相近的序列做 08/16 09:31
2F：→ milkpa:吧，类似基因functional domain应该也相近 08/16 09:32
3F：→ storm780121:从相近物种找conserved region设计degenerate primer 08/16 15:58
4F：→ storm780121:定序确定正确後再设计realtime用的primer 08/16 15:58
5F：→ storm780121:通常degenerate primer专一性不是很好 所以我会搭配 08/16 16:01
6F：→ storm780121:touch down PCR 有时候会好一些 08/16 16:02
7F：→ storm780121:就像一楼说的掷筊 多设计几个primer交叉测试 加油 08/16 16:04
8F：推 batatas:作subtractive hybridization 和RACE-PCR 再去blast 08/19 00:00
9F：→ batatas:看有没有相近的基因 08/19 00:00