作者planter (黑洞)
看板Biotech
標題[求救] 有人用過miREADER軟體找 novel miRNA嗎
時間Wed Aug 7 00:24:59 2013
哈囉大家好
我最近看了一篇pape說他們的軟體可以不用基因體全定序或transcriptome
只憑small RNA deep sequencing就可以預測novel RNA
PLoS One. 2013 Jun 21;8(6):e66857. Print 2013.
miReader: Discovering Novel miRNAs in Species without Sequenced Genome.
他們的網站還有提供下載和簡單的教學
http://scbb.ihbt.res.in/2810-12/miReader.php
由於我手上沒data
所以利用教學中提到的檔案逐步做練習
input調miReader_dicot.jar
output隨便設一個資料夾在桌面
number of processors(應該是處理器的數目)輸入1跟2都試過
參考物種選阿拉伯芥
結果怎麼跑目標資料夾都是空的，而且進度都直接100%，像沒跑一樣。
所以想上來問問看有沒有用過的學長姊們可以分享一下用嗎
謝謝大家
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如果我們要把磁鐵棒放進線圈，
線圈會說「不!!不要過來!!」而發出阻力不讓磁鐵棒靠近。
但是如果我們要把放進去的磁鐵棒從線圈拿走， 「傲嬌是一種
線圈反而會說「我…我又沒有叫你走!!」而發出阻力不讓磁鐵棒離開。 自然現象」
這種現象不就是傲嬌嗎！ 新科科人雜誌
所以傲嬌這東西根本不是新梗，19世紀就有科學家發現傲嬌了。 ／民明書房
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.52.104
1F：推 lingon:六月底的paper應該還沒什麼人注意到吧,但這個claim也有點玄 08/07 05:27
※ planter:轉錄至看板 BioMedInfo 08/07 17:03
2F：→ soom:我猜input是錯的吧 感覺input應該是吃fastq或fasta 08/07 20:39
3F：→ soom:另外有什麼錯誤訊息跑出來嗎? 08/07 20:40
4F：→ planter:沒有錯誤的訊息耶 這程式不太防呆 08/08 16:07
5F：→ planter:嗯對啊 網頁也說支援檔案格式是fasta 但教學卻沒註明 08/08 16:11
6F：→ planter:我再試試java阪本的問題好了 08/08 16:11