作者AgRb (真的很愛"貓")
看板Biotech
標題[求救] 關於 primer 設計切位多留幾個 base
時間Mon Aug 5 13:42:48 2013
小弟要準備設計 primer 上的切位，
希望將 PCR 產物利用 BsrGI 和 NheI 切完後接入vector中
然後根據 NEB 網站所提供需要多留的 base 表格如下：
http://0rz.tw/HMs1V
1bp 2bp 3bp 4bp 5bp
BsrGI: +++ +++ +++ +++ +++
NheI: + ++ +++ +++ +++
看起來我保守一點應該設計多留至少 3bp
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但是參考了本版 monicatsen 大的文章：□ [求救] 長片段ligation+primer desing
發現他們說應該參考網頁裡的一個連結的表格（橘字）：
Cleavage Close to the End of DNA Fragments (linearized vector)
網址：
http://0rz.tw/cgn5M
裡面提到 BsrGI 留 1bp 效率是 88%
留 2bp 效率是 99%
NheI 留 1bp 效率是 100%
留 2bp 效率是 82%
這樣 NheI 好像是在說留 1bp 就好
那這樣不就跟上半部所說的留 3bp 不一樣了嗎？
不知道能否請各位前輩們幫忙解惑～？
在此先跟各位說聲感謝～！
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.123.85.49
1F：→ puec2:差1~2個base頂多頂多頂多差20塊... 08/05 14:55
2F：→ AgRb:我不是擔心那個錢啦，我是比較擔心切的效率 08/05 15:14
3F：→ blence:第一個網頁提到的表格,與網頁內另兩個link,共三張,分別是不 08/05 15:37
4F：→ blence:同實驗設計(substrate長度)得到的結果,端看你要切什麼 08/05 15:38
5F：→ AgRb:我是要用 PCR P 出一段 1.1K 的片段後 08/05 16:56
6F：→ AgRb:然後要在兩端設計切位，切了之後～再接到vector 08/05 16:57
7F：→ AgRb:因為剛好要用到這兩個酵素，所以查了一下發現有不一樣的結果 08/05 16:58
8F：→ puec2:就加三個阿 越長越安心 08/05 17:44
9F：→ AgRb:那不好意思～再請教一下通常會放四種 base 的哪一種？ 08/05 19:04
10F：→ xxtomnyxx:聽說有網站有提供哪些 RE 要用哪些 base 當 linker， 08/08 12:40
11F：→ xxtomnyxx:不過我的話會把那三個 base 設計成和 vector 上的一樣， 08/08 12:41
12F：→ xxtomnyxx:這樣之後挑 colony 時剛好 primer 就可以完全和 vector 08/08 12:41
13F：→ xxtomnyxx:和 insert 互補 08/08 12:42