作者AgRb (真的很爱"猫")
看板Biotech
标题[求救] 关於 primer 设计切位多留几个 base
时间Mon Aug 5 13:42:48 2013
小弟要准备设计 primer 上的切位，
希望将 PCR 产物利用 BsrGI 和 NheI 切完後接入vector中
然後根据 NEB 网站所提供需要多留的 base 表格如下：
http://0rz.tw/HMs1V
1bp 2bp 3bp 4bp 5bp
BsrGI: +++ +++ +++ +++ +++
NheI: + ++ +++ +++ +++
看起来我保守一点应该设计多留至少 3bp
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但是参考了本版 monicatsen 大的文章：□ [求救] 长片段ligation+primer desing
发现他们说应该参考网页里的一个连结的表格（橘字）：
Cleavage Close to the End of DNA Fragments (linearized vector)
网址：
http://0rz.tw/cgn5M
里面提到 BsrGI 留 1bp 效率是 88%
留 2bp 效率是 99%
NheI 留 1bp 效率是 100%
留 2bp 效率是 82%
这样 NheI 好像是在说留 1bp 就好
那这样不就跟上半部所说的留 3bp 不一样了吗？
不知道能否请各位前辈们帮忙解惑～？
在此先跟各位说声感谢～！
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.123.85.49
1F：→ puec2:差1~2个base顶多顶多顶多差20块... 08/05 14:55
2F：→ AgRb:我不是担心那个钱啦，我是比较担心切的效率 08/05 15:14
3F：→ blence:第一个网页提到的表格,与网页内另两个link,共三张,分别是不 08/05 15:37
4F：→ blence:同实验设计(substrate长度)得到的结果,端看你要切什麽 08/05 15:38
5F：→ AgRb:我是要用 PCR P 出一段 1.1K 的片段後 08/05 16:56
6F：→ AgRb:然後要在两端设计切位，切了之後～再接到vector 08/05 16:57
7F：→ AgRb:因为刚好要用到这两个酵素，所以查了一下发现有不一样的结果 08/05 16:58
8F：→ puec2:就加三个阿 越长越安心 08/05 17:44
9F：→ AgRb:那不好意思～再请教一下通常会放四种 base 的哪一种？ 08/05 19:04
10F：→ xxtomnyxx:听说有网站有提供哪些 RE 要用哪些 base 当 linker， 08/08 12:40
11F：→ xxtomnyxx:不过我的话会把那三个 base 设计成和 vector 上的一样， 08/08 12:41
12F：→ xxtomnyxx:这样之後挑 colony 时刚好 primer 就可以完全和 vector 08/08 12:41
13F：→ xxtomnyxx:和 insert 互补 08/08 12:42