作者poohwl (......)
看板Biotech
標題[求救] DNA gel bands 的 pattern 很奇怪
時間Wed Jul 3 16:58:44 2013
我抽了幾個經不同處理的細胞的RNA，
再用RT kit轉成 cDNA, 接著跑PCR
我的做法是各取等量的templet到PCR管中，再將混合好的Taq, primer. dNTP等量加到
每個PCR tubes裡，接著votex、spin down，就放到PCR machine中進行反應。
跑膠之後,卻出現奇怪的情形
1.出現多條band
2.sample的band有兩種截然不同的pattern （1, 6, 9 lane)
附上照片
http://www.wretch.cc/album/show.php?i=wch10211021&b=2&f=1408039934&p=0
看起來似乎問題不只一個，完全沒有頭緒該從哪裡開始troubleshotting
希望版上的前輩可以幫忙解惑！
謝謝 ！
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.112.121.113
1F：→ ai760721:P個nested看看? 07/03 17:21
2F：→ ai760721:預期的band是多大呢? 07/03 17:23
3F：推 ithinksoiam:原po轉多少的RNA阿 07/03 19:16
4F：→ a90648:有一說是不要vortex，怕enzyme壞掉 07/03 21:20
5F：→ lougii:有沒有可能是電極線的問題啊.?有試了control嗎? 07/03 22:29
6F：→ BGG:轉cDNA 有用到 random primer 嗎? 07/03 23:23
7F：→ huuban:用了哪些primer呢？專一性夠不夠？ 07/04 11:50
8F：推 biingru:請問您的膠是不是沒有讓它硬夠？ 07/04 11:56
9F：推 KittyGod:可愛的波浪造型 所以問題是電泳出現波浪嗎? 07/04 22:00
10F：→ JanChang:其實vortex個極短時間不太會破壞enzyme，不要高速vortex 07/05 16:15
11F：→ JanChang:10秒這種就好，通常我是會vortex 1秒左右就停。 07/05 16:16
12F：→ JanChang:不過很可能是primers專一性不夠，有可能是有alternative 07/05 16:17
13F：→ JanChang:splicing嗎？ 07/05 16:17
14F：推 ljii:band歪是gel作的不好, 沒有搖勻或微波不夠久或沒有solidify夠 07/06 00:16
15F：→ ljii:至於多條band, 可能是anneal temp太低, primer專一性不夠, 07/06 00:17
16F：→ ljii:不然就是根本實驗無誤, 是同個mRNA的alternavtive splicing 07/06 00:18
17F：→ ljii:不過你沒有提到你預期的band多大,還是根本就是預期有不同大小 07/06 00:19
18F：→ puec2:vortex會破壞enzyme? 那會不會把抗體的手震斷？XD 07/06 04:27