作者onerabbit (是時候該冒險)
看板Biotech
標題[求救] miRNA predict (PITA, targetscan..)
時間Thu Jan 24 13:47:05 2013
剛開始接觸 targetscan 跟ＰＩＴＡ
但是對這兩個網站我完全摸不著頭緒
也沒人可以問，本身之前也不是做ｍｉＲＮＡ
爬文跟google
都沒看到這兩個網站的教學...
也沒人可以問...
有沒有好心人可以教一下 :(
拜託....
補充問題: 目的: 以CD105(human)為例，我想要找到可以target它的miRNA
過程 我先利用 Entrez database去找他的gene symble :ENG
然後 我到 targetscan 首頁
在2. Enter a human Entrez Gene symbol : 輸入ENG
Q1 但在3 的地方我不知道該選什麼，但我看了
broadly conserved/ conserved* /poorly conserved
差異，在這個地方我該怎麼選 我還是沒頭緒
是要選broadly conserved嘛?
Q2 假設在step3 都不選，直接按 submit 進去
出現了兩個 NM_000118 (905 nt)
NM_001114753 (670 nt)
我卻不知道該怎麼判斷哪一段好，是選較長的嘛?
Q3 然後假設點了NM_000118進去後，再來是挑選 mi-RNA
應該是要選conserved 吧， conseved 應該會比poor conseved的好
但為什麼他的網站還要列出poor-conseved?
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◆ From: 223.143.227.120
1F：推 HEK293:要不要先敘述一下你哪裡不會跟你的用途 01/24 14:19
2F：→ onerabbit:喔喔~SORRY，我晚點再補充...現在還沒下班~謝謝提醒 01/24 17:50
※ 編輯: onerabbit 來自: 219.85.93.15 (01/25 00:19)
※ 編輯: onerabbit 來自: 219.85.93.15 (01/25 00:35)
3F：推 hwjuranus:推薦一個應該比較好用的 mirtar.mbc.nctu.edu.tw 01/25 07:14
4F：→ hwjuranus:整合三個常用的miRNA prediction tool 簡單上手 01/25 07:15