作者onerabbit (是时候该冒险)
看板Biotech
标题[求救] miRNA predict (PITA, targetscan..)
时间Thu Jan 24 13:47:05 2013
刚开始接触 targetscan 跟ＰＩＴＡ
但是对这两个网站我完全摸不着头绪
也没人可以问，本身之前也不是做ｍｉＲＮＡ
爬文跟google
都没看到这两个网站的教学...
也没人可以问...
有没有好心人可以教一下 :(
拜托....
补充问题: 目的: 以CD105(human)为例，我想要找到可以target它的miRNA
过程 我先利用 Entrez database去找他的gene symble :ENG
然後 我到 targetscan 首页
在2. Enter a human Entrez Gene symbol : 输入ENG
Q1 但在3 的地方我不知道该选什麽，但我看了
broadly conserved/ conserved* /poorly conserved
差异，在这个地方我该怎麽选 我还是没头绪
是要选broadly conserved嘛?
Q2 假设在step3 都不选，直接按 submit 进去
出现了两个 NM_000118 (905 nt)
NM_001114753 (670 nt)
我却不知道该怎麽判断哪一段好，是选较长的嘛?
Q3 然後假设点了NM_000118进去後，再来是挑选 mi-RNA
应该是要选conserved 吧， conseved 应该会比poor conseved的好
但为什麽他的网站还要列出poor-conseved?
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 223.143.227.120
1F：推 HEK293:要不要先叙述一下你哪里不会跟你的用途 01/24 14:19
2F：→ onerabbit:喔喔~SORRY，我晚点再补充...现在还没下班~谢谢提醒 01/24 17:50
※ 编辑: onerabbit 来自: 219.85.93.15 (01/25 00:19)
※ 编辑: onerabbit 来自: 219.85.93.15 (01/25 00:35)
3F：推 hwjuranus:推荐一个应该比较好用的 mirtar.mbc.nctu.edu.tw 01/25 07:14
4F：→ hwjuranus:整合三个常用的miRNA prediction tool 简单上手 01/25 07:15