作者betrue1986 (Purple)
看板Biotech
標題[求救] DNA序列與胺基酸序列整合
時間Thu Nov 15 20:30:03 2012
各位前輩好，
目前小妹手上已有完整粒線體DNA序列以及粒線體各基因的胺基酸序列
現在要將他們整合成完整的檔案，類似像↓
5'- A TGATAAGTAC TATTATTTCA ATCATCTTTA AAACGCTTGC AATAATAATA………-3'
M M S T I I S x x x x x x x x x x ………
有沒有可以把DNA與胺基酸彙整成完整排序的軟體呢？？
應該不會是用word慢慢一個base一個base推吧＠＠？！
序列總長有接近20K的長度耶......
之前有用過lasergene的seqbuilder的功能，是可以這樣彙整，形式也是我要的沒錯，
但是就是多了各基因中胺基酸的排序號碼和translation ruler，
讓整個畫面都充滿線條，也無法取消讓畫面很乾淨，
把translation ruler取消的話連同胺基酸都會不見只剩下DNA序列.....
其實排序完成後，我要的就是只有完整DNA和排序好的胺基酸這樣，
然後能夠編輯界定各基因的頭尾，但是都無法get...
請問版上大大有沒有解決的方法呢？
小妹先在這裡跪謝了！
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◆ From: 140.117.232.110
※ 編輯: betrue1986 來自: 140.117.232.110 (11/15 20:32)
3F：→ bigfourx:旁邊 有一個 show translation 點進去 給他序列 11/15 22:57
4F：→ bigfourx:出來就是你要的，不過在網頁上，你在整個複製貼到WORD 11/15 22:58
5F：→ bigfourx:整個就是你要的格式，試試看吧 11/15 22:59
6F：→ betrue1986:b大 我貼序列進去後按submit沒有動作耶＠＠！ 11/15 23:41
7F：→ betrue1986:阿 有了 只是旁邊有數字 那這樣只能一次輸入單個基因？ 11/15 23:42
8F：→ betrue1986:最後若要呈現全部序列 一排100個nt 最旁邊有100.200 11/15 23:47
9F：→ betrue1986:等數字 是不是就是要自己KEY?! 11/15 23:47
10F：推 bigfourx:你會不會弄錯個@@我看了一下只有60.75.95.105.... 11/16 01:51
11F：→ bigfourx:我沒看到你說的SHOW 100.200耶 我的蛋白90幾Kda都可以用 11/16 01:52
12F：→ bigfourx:DNA 2K多...你確定你是用DNA Figures→Show translation 11/16 01:53
13F：→ betrue1986:b大誤會了 我的意思是 最後要呈現的個數 每行是100nt 11/16 13:02
14F：→ betrue1986:然後 因為基因與基因間會有IGRs是不能夠轉譯成胺基酸的 11/16 13:04
15F：→ betrue1986:所以是不是 就只能個別基因逐個手動貼上的胺基酸？ 11/16 13:05
16F：推 bigfourx:如果你中間IGRs也要用我就不知道了@@" 11/16 16:03
17F：→ betrue1986:還有～這不用選擇適合物種的codon嗎？ 11/16 17:44
18F：→ betrue1986:如果不能辨別IGRs 除了第一個基因 後面都要慢慢推了QQ 11/16 17:46
19F：推 bigfourx:特定物種那就codon optimize..上面有一篇有推薦軟體.... 11/16 19:26
20F：推 bigfourx:我知道的是codon對應的胺基酸應該大致固定，是含量的問題 11/16 19:36
21F：→ bigfourx:但或許我認知是錯的.... 11/16 19:36
22F：推 afresh72:SerialCloner，免費好用！ 11/16 20:54
23F：→ betrue1986:後面的基因好像還是要逐個推 但還是謝謝b大和a大喔！！ 11/16 21:35