作者betrue1986 (Purple)
看板Biotech
标题[求救] DNA序列与胺基酸序列整合
时间Thu Nov 15 20:30:03 2012
各位前辈好，
目前小妹手上已有完整粒线体DNA序列以及粒线体各基因的胺基酸序列
现在要将他们整合成完整的档案，类似像↓
5'- A TGATAAGTAC TATTATTTCA ATCATCTTTA AAACGCTTGC AATAATAATA………-3'
M M S T I I S x x x x x x x x x x ………
有没有可以把DNA与胺基酸汇整成完整排序的软体呢？？
应该不会是用word慢慢一个base一个base推吧＠＠？！
序列总长有接近20K的长度耶......
之前有用过lasergene的seqbuilder的功能，是可以这样汇整，形式也是我要的没错，
但是就是多了各基因中胺基酸的排序号码和translation ruler，
让整个画面都充满线条，也无法取消让画面很乾净，
把translation ruler取消的话连同胺基酸都会不见只剩下DNA序列.....
其实排序完成後，我要的就是只有完整DNA和排序好的胺基酸这样，
然後能够编辑界定各基因的头尾，但是都无法get...
请问版上大大有没有解决的方法呢？
小妹先在这里跪谢了！
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◆ From: 140.117.232.110
※ 编辑: betrue1986 来自: 140.117.232.110 (11/15 20:32)
3F：→ bigfourx:旁边 有一个 show translation 点进去 给他序列 11/15 22:57
4F：→ bigfourx:出来就是你要的，不过在网页上，你在整个复制贴到WORD 11/15 22:58
5F：→ bigfourx:整个就是你要的格式，试试看吧 11/15 22:59
6F：→ betrue1986:b大 我贴序列进去後按submit没有动作耶＠＠！ 11/15 23:41
7F：→ betrue1986:阿 有了 只是旁边有数字 那这样只能一次输入单个基因？ 11/15 23:42
8F：→ betrue1986:最後若要呈现全部序列 一排100个nt 最旁边有100.200 11/15 23:47
9F：→ betrue1986:等数字 是不是就是要自己KEY?! 11/15 23:47
10F：推 bigfourx:你会不会弄错个@@我看了一下只有60.75.95.105.... 11/16 01:51
11F：→ bigfourx:我没看到你说的SHOW 100.200耶 我的蛋白90几Kda都可以用 11/16 01:52
12F：→ bigfourx:DNA 2K多...你确定你是用DNA Figures→Show translation 11/16 01:53
13F：→ betrue1986:b大误会了 我的意思是 最後要呈现的个数 每行是100nt 11/16 13:02
14F：→ betrue1986:然後 因为基因与基因间会有IGRs是不能够转译成胺基酸的 11/16 13:04
15F：→ betrue1986:所以是不是 就只能个别基因逐个手动贴上的胺基酸？ 11/16 13:05
16F：推 bigfourx:如果你中间IGRs也要用我就不知道了@@" 11/16 16:03
17F：→ betrue1986:还有～这不用选择适合物种的codon吗？ 11/16 17:44
18F：→ betrue1986:如果不能辨别IGRs 除了第一个基因 後面都要慢慢推了QQ 11/16 17:46
19F：推 bigfourx:特定物种那就codon optimize..上面有一篇有推荐软体.... 11/16 19:26
20F：推 bigfourx:我知道的是codon对应的胺基酸应该大致固定，是含量的问题 11/16 19:36
21F：→ bigfourx:但或许我认知是错的.... 11/16 19:36
22F：推 afresh72:SerialCloner，免费好用！ 11/16 20:54
23F：→ betrue1986:後面的基因好像还是要逐个推 但还是谢谢b大和a大喔！！ 11/16 21:35