作者fghjkl1000 ()
看板Biotech
標題[求救] Vector NTI的contig express用法
時間Wed May 30 23:40:39 2012
各位版友好
最近幫學姊送定序，結果送回來要比對我遇到一個問題
就是學姊的insert有2.3K的長度!
可是回來的結果，primer竟然是從前後夾= = (ABI檔案)
我知道定序的準確性大概只有前750bp
學姊應該也不會弄錯才是(問題是學姊這個禮拜出公差都不會在)
反正我死活就想說拿去vector NTI(11版)對一下，少中間就算了(他回來再問)
(前後定序送回來的長度都是1.3K左右)
結果contigexpress顯示No contigs were assembled.!!!
嚇我一跳，當下再用alignment試一下，咦? 前後都有對到阿?
為什麼contigexpress在這種狀況下就不能對了?
是不是我對這個軟體有什麼誤會呢?
盼有神人能幫解答這個問題
文筆不好，如果有描述不清楚的地方，我會再盡量說清楚
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◆ From: 140.114.96.44
1F：→ soom:如果兩個方向出來的結果沒有互補到一定程度，就不會有contig 05/30 23:43
2F：→ fghjkl1000:所以像這個情況，還是要需要中間那一條Q_Q 對吧? 05/30 23:46
3F：→ fghjkl1000:現在我是手動align看一下至少前後700多是不是正確了 哀 05/30 23:46
4F：→ fghjkl1000:可是還有一問 是不是改它的設定就可以忽略某些問題? 05/30 23:47
5F：→ fghjkl1000:因為我有看到他許多設定 可是不會改 05/30 23:48
6F：→ milkpa:自動不行改手動，另，前後夾有什麼不對..... 05/31 00:25
7F：→ jk15:2.3k...可以考慮用單邊，walking的方法定序 05/31 02:56
8F：→ jabari:1.拿起電話打給定序公司 2.說你要全段定序, primer要業務一 05/31 06:48
9F：→ jabari:起送回來.每間公司都有這種service. 快又方便 05/31 06:50