作者fghjkl1000 ()
看板Biotech
标题[求救] Vector NTI的contig express用法
时间Wed May 30 23:40:39 2012
各位版友好
最近帮学姊送定序，结果送回来要比对我遇到一个问题
就是学姊的insert有2.3K的长度!
可是回来的结果，primer竟然是从前後夹= = (ABI档案)
我知道定序的准确性大概只有前750bp
学姊应该也不会弄错才是(问题是学姊这个礼拜出公差都不会在)
反正我死活就想说拿去vector NTI(11版)对一下，少中间就算了(他回来再问)
(前後定序送回来的长度都是1.3K左右)
结果contigexpress显示No contigs were assembled.!!!
吓我一跳，当下再用alignment试一下，咦? 前後都有对到阿?
为什麽contigexpress在这种状况下就不能对了?
是不是我对这个软体有什麽误会呢?
盼有神人能帮解答这个问题
文笔不好，如果有描述不清楚的地方，我会再尽量说清楚
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 140.114.96.44
1F：→ soom:如果两个方向出来的结果没有互补到一定程度，就不会有contig 05/30 23:43
2F：→ fghjkl1000:所以像这个情况，还是要需要中间那一条Q_Q 对吧? 05/30 23:46
3F：→ fghjkl1000:现在我是手动align看一下至少前後700多是不是正确了 哀 05/30 23:46
4F：→ fghjkl1000:可是还有一问 是不是改它的设定就可以忽略某些问题? 05/30 23:47
5F：→ fghjkl1000:因为我有看到他许多设定 可是不会改 05/30 23:48
6F：→ milkpa:自动不行改手动，另，前後夹有什麽不对..... 05/31 00:25
7F：→ jk15:2.3k...可以考虑用单边，walking的方法定序 05/31 02:56
8F：→ jabari:1.拿起电话打给定序公司 2.说你要全段定序, primer要业务一 05/31 06:48
9F：→ jabari:起送回来.每间公司都有这种service. 快又方便 05/31 06:50