作者Phaeton (凰呀的鳴叫~)
看板Biotech
標題[討論] 請問shRNA lentiviral infected cell選擇
時間Tue Nov 15 17:16:17 2011
先前從中研院RNAi Core 買了五種不同target A sequence的 shRNA
之後感染到細胞 以western 證明其中三個可以 抑制A蛋白合成
接著再以分化培養基 培養此細胞
想了解A蛋白對細胞分化的影響
結果只有一種 shRNA可以抑制細胞分化
可是我覺得應該是抑制的三種shRNA都會影響到細胞分化
這邊有點讓我困惑
我有以NCBI BLAST去看是否shRNA有影響到此分化路徑上的重要蛋白
可是似乎是沒有
所以 想請教是否有相關文章 或是想法可以提供一下
謝謝
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◆ From: 120.126.35.154
1F：推 Realthugz:唯一抑制那個knockdown效果是最好的嗎? 有沒有相關性? 11/15 22:47
2F：→ Phaeton:三個抑制蛋白的效果大約在80% 11/16 00:03
3F：→ Phaeton:所以若從蛋白被抑制量來看 可能沒辦法和細胞分化扯上關係 11/16 00:04
4F：→ Phaeton:現在打算先壓壓看上下遊幾個關鍵蛋白的量 再來想這問題@@ 11/16 00:05
5F：推 datro:microRNA effect? 11/16 15:53
6F：推 aceliang:樓上是指ceRNA? 11/16 21:48
7F：推 icome:悲觀想法 可能只是off target effect 11/16 23:33
8F：→ Phaeton:OFF TARGET 是有可能沒錯 不過NCBI BLAST那看是可能性不高 11/16 23:45
9F：推 ararthur:分化前後的細胞其實性質不完全一樣 所以有些KD效果也會改 11/17 00:47
10F：→ ararthur:變 可以分化的細胞是不是WB一樣有KD效果呢? 11/17 00:48
11F：推 lovenainai:三個只有一個有 phenotype 就是 off target effect 11/17 13:40
12F：→ Phaeton:可以分化的細胞 蛋白表現量正常 樓上說的沒錯 只是也不完 11/18 00:56
13F：→ Phaeton:全是那樣 11/18 00:57