作者Phaeton (凰呀的鸣叫~)
看板Biotech
标题[讨论] 请问shRNA lentiviral infected cell选择
时间Tue Nov 15 17:16:17 2011
先前从中研院RNAi Core 买了五种不同target A sequence的 shRNA
之後感染到细胞 以western 证明其中三个可以 抑制A蛋白合成
接着再以分化培养基 培养此细胞
想了解A蛋白对细胞分化的影响
结果只有一种 shRNA可以抑制细胞分化
可是我觉得应该是抑制的三种shRNA都会影响到细胞分化
这边有点让我困惑
我有以NCBI BLAST去看是否shRNA有影响到此分化路径上的重要蛋白
可是似乎是没有
所以 想请教是否有相关文章 或是想法可以提供一下
谢谢
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※ 发信站: 批踢踢实业坊(ptt.cc)
◆ From: 120.126.35.154
1F：推 Realthugz:唯一抑制那个knockdown效果是最好的吗? 有没有相关性? 11/15 22:47
2F：→ Phaeton:三个抑制蛋白的效果大约在80% 11/16 00:03
3F：→ Phaeton:所以若从蛋白被抑制量来看 可能没办法和细胞分化扯上关系 11/16 00:04
4F：→ Phaeton:现在打算先压压看上下游几个关键蛋白的量 再来想这问题@@ 11/16 00:05
5F：推 datro:microRNA effect? 11/16 15:53
6F：推 aceliang:楼上是指ceRNA? 11/16 21:48
7F：推 icome:悲观想法 可能只是off target effect 11/16 23:33
8F：→ Phaeton:OFF TARGET 是有可能没错 不过NCBI BLAST那看是可能性不高 11/16 23:45
9F：推 ararthur:分化前後的细胞其实性质不完全一样 所以有些KD效果也会改 11/17 00:47
10F：→ ararthur:变 可以分化的细胞是不是WB一样有KD效果呢? 11/17 00:48
11F：推 lovenainai:三个只有一个有 phenotype 就是 off target effect 11/17 13:40
12F：→ Phaeton:可以分化的细胞 蛋白表现量正常 楼上说的没错 只是也不完 11/18 00:56
13F：→ Phaeton:全是那样 11/18 00:57