作者lovenainai (lovenainai)
看板Biotech
標題Re: [求救] 請問RNA去除genomic DNA的方法
時間Thu Sep 29 16:07:13 2011
如果要做 qPCR 用 TRIzol 抽的 RNA 非常容易有gDNA汙染
用 DNAse 處理並不好 因為加溫過程中 RNA 會 degrade 得很厲害
而且你的 buffer 跟 DNAse 都還留在裡面
我覺得用 Lithium Chloride 沉澱拿到的 RNA 最純 便宜 又快速簡單
但是缺點是 300bp 以下的 RNA 沒辦法有效率的沉澱 而且RNA濃度太低也不能用這招
protocol:
7.5M LiCl in DEPC-H2O (store at -20)
add 1/2 volume 7.5M LiCl to your RNA sample (after TRIzol)
leave in -20 >1hr the longer the better
Spin at top speed
discard supernatant, wash 1X w/ 70% EtOH
Spin again
leave air dry ~15min
recover in DEPC-H2O
※ 引述《cqw80000 (草履蟲)》之銘言：
: 目前的狀況是這樣的,我們實驗室是用TRIzol抽取RNA.
: 抽取的過程中也很順利,RNA跑完電泳後發現有genomic DNA殘留.
: 但是因為要把RNA反轉錄成cDNA,所以目前是先取出要反轉錄的RNA的量出來.
: 取出來後打算加入DNase I於37度C作用30分鐘後,再於65度C作用5分鐘使DNase I失活.
: 我的問題就是在去除genomic DNA的過程中,不知道會不會使RNA降解?
: 假如RNA會降解的話,請問前輩還有什麼方式可以去除已經萃取好的RNA中的genomic DNA.
: 感謝!
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◆ From: 24.184.89.77
※ 編輯: lovenainai 來自: 24.184.89.77 (09/29 16:08)
1F：推 leoblack:真的要那麼純的,乾脆做CsCl banding好了 09/29 19:46
2F：→ huuban:之前CTAB法最後也是LiCl，但還是有殘留問題..還是看樣本吧 09/29 22:36
3F：推 chiehdis:因為我的實驗也有用到LiCl 所以並不是TRIzol去DNA的效果 09/30 03:26
4F：→ chiehdis:好!!是LiCl的功效嗎????? 天啊!!(震驚!!) 09/30 03:27
5F：→ chiehdis:我用氯化鋰主要是用來去多醣的~~ 09/30 03:29