作者cqw80000 (草履蟲)
看板Biotech
標題[求救] 請問RNA去除genomic DNA的方法
時間Tue Sep 27 22:17:50 2011
目前的狀況是這樣的,我們實驗室是用TRIzol抽取RNA.
抽取的過程中也很順利,RNA跑完電泳後發現有genomic DNA殘留.
但是因為要把RNA反轉錄成cDNA,所以目前是先取出要反轉錄的RNA的量出來.
取出來後打算加入DNase I於37度C作用30分鐘後,再於65度C作用5分鐘使DNase I失活.
我的問題就是在去除genomic DNA的過程中,不知道會不會使RNA降解?
假如RNA會降解的話,請問前輩還有什麼方式可以去除已經萃取好的RNA中的genomic DNA.
感謝!
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 118.165.57.164
1F：推 f9361046:1.會 2.沒太大影響吧 有點忘了XD 09/27 23:02
2F：→ f9361046:我這樣做也可以維持1.8~1.9 band也很明顯 所以我想沒差吧 09/27 23:06
3F：推 Ianthegood:看你操作夠不夠乾淨阿 不小心有RNAse掉進去就毀啦XD 09/27 23:13
4F：→ cqw80000:請問前輩反轉錄好的cDNA跑電泳的圖大約會是怎樣子? 09/27 23:13
5F：→ huuban:多少都會漏失一些RNA，應該是沒有降解這個問題吧.. 09/27 23:34
6F：→ huuban:印象中做雙股跑出來是smear，單股我不知道 09/27 23:35
7F：推 datro:應該說 目的是要啥? PCR的話 primer 設計跨EXON就好 09/28 00:23
8F：推 Realthugz:RT沒有specific primer就拿去跑應該一片亮晶晶吧 09/28 02:20
9F：推 untilnow:1 會 2.可以外加如ribolock等RNase inhibitor 09/28 10:51
10F：→ cqw80000:datro大,我是要往下進行Q-PCR,所以primer設計跨exon就好 09/28 17:31
11F：→ cqw80000:嗎?,那是不是就可以跳過用Dnase I treat的步驟? 09/28 17:31
12F：→ cqw80000:另外,感覺各位前輩都會加RNase inhibitor,但是假如不考慮 09/28 17:34
13F：→ cqw80000:RNase的汙染,純粹的37度C和65度C會不會直接使RNA降解? 09/28 17:35
14F：推 icome:用amplification grade DNase I 效果很好 09/30 00:21
15F：推 huuban:37度30分鐘和65度10分鐘是不會使RNA降解的 10/01 22:54
16F：→ huuban:另外，室溫24小時也不會有問題..至少band都看得到 10/01 22:55